最近在看差异分析当中原始read counts是如何被校正的,自然就不会放过差异分析的经典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法称为trimmed mean of...
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于单倍型的选择信号检测软件。iHS 通过比较单倍型频率的衰减...
SIFT4G[https://sift.bii.a-star.edu.sg/sift4g/Commandline.html] 使用方法:1.下载对应物种的SIFT数据库htt...
Genetic load: genomic estimates and applications in non-model animals[https://www.natur...
写在前面的碎碎念 最近在尝试Cricos这款优秀的可视化软件,但是在安装的时候有一些问题,记录一下。首先我是conda的忠实用户,因此下载软件的第一反应就是去Bioconda...
写在前面 由于circos官网的教程太全面了,虽然好但反而感觉比较复杂,难易上手,因此我将他们精简了一下。由于官网的教程中包含的数据太杂了,所以我精简了数据与代码放到了扣扣群...
摘要 两张图总结本文,以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能,全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的,但我一直没开放,主要是考虑到...
SMC++ 是分析种群历史的一个软件,主要用在重测序数据分析中。 git地址 GitHub - popgenmethods/smcpp: SMC++ infers popul...
首先肯定是要call SNPs的,最好用bcftools pileup,避免后面报错 可以用一个管道一次性搞定: 也可以先call出VCF文件: 一定把这类管道的代码放在脚本...
对基因组测序完成后,我们经常需要统计测序深度(depth)和对基因组的覆盖率(coverage) 这两个概念有时候不太好区分,有时coverage也表示测序深度x. 我们用s...
在群体遗传学研究中,LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容,也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类: 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...