最近在看差异分析当中原始read counts是如何被校正的，自然就不会放过差异分析的经典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法称为trimmed mean of...
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理论 | edgeR -- TMM normalization 详细计算过程
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基于重测序数据计算 iHS 选择信号
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于单倍型的选择信号检测软件。iHS 通过比较单倍型频率的衰减...
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SIFT4G:预测氨基酸取代是否会影响蛋白质功能
SIFT4G[https://sift.bii.a-star.edu.sg/sift4g/Commandline.html] 使用方法：1.下载对应物种的SIFT数据库htt...
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每日paper - 20220216 - Review - 基于基因组数据的遗传负荷研究Genetic load: genomic estimates and applications in non-model animals[https://www.natur...
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生信 | Circos的安装写在前面的碎碎念 最近在尝试Cricos这款优秀的可视化软件，但是在安装的时候有一些问题，记录一下。首先我是conda的忠实用户，因此下载软件的第一反应就是去Bioconda...
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生信 | Circos实战写在前面 由于circos官网的教程太全面了，虽然好但反而感觉比较复杂，难易上手，因此我将他们精简了一下。由于官网的教程中包含的数据太杂了，所以我精简了数据与代码放到了扣扣群...
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TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到...
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SMC++ 安装SMC++ 是分析种群历史的一个软件，主要用在重测序数据分析中。 git地址 GitHub - popgenmethods/smcpp: SMC++ infers popul...
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PSMC使用过程中的一些坑
首先肯定是要call SNPs的，最好用bcftools pileup，避免后面报错 可以用一个管道一次性搞定： 也可以先call出VCF文件： 一定把这类管道的代码放在脚本...
