基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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如何对基因组序列进行注释 -
基因结构注释（4）：整合预测结果参考链接 如何对基因组进行注释[https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a] 从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集...
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EVM整合注释及报错
1 使用conda安装EVM。conda源的evidencemodeler 不是作者编译上传的，所以pasa的依赖和库都不在，如果是重新创建环境安装EVM的话，需要安装这俩P...
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非模式生物重复序列注释 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安装RepeatModeler2,RepeatMasker4建议直接去官网下载，解压安装。同时安装其他包。安装流程这里不详细介绍了，网上有很多。 假设现在已经安装完毕，并...
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比较基因组学分析1：构建单拷贝基因树比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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Linux下pfam_scan的使用
做基因功能注释都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测序技术的发展，我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域，pfam数...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
2023-07-21使用Trinity进行转录组De novo组装(无参)软件安装与下载 运行数据 功能注释 组装后的文件就是转录本文件在未消除样品之间的差异之前，用TPM来比较勉强可以，但是FPKM不行。
