比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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比较基因组学分析1：构建单拷贝基因树 -
Linux下pfam_scan的使用
做基因功能注释都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测序技术的发展，我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域，pfam数...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
2023-07-21使用Trinity进行转录组De novo组装(无参)软件安装与下载 运行数据 功能注释 组装后的文件就是转录本文件在未消除样品之间的差异之前，用TPM来比较勉强可以，但是FPKM不行。
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转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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orthofinder安装及使用教程安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了...
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理论 | edgeR -- TMM normalization 详细计算过程
最近在看差异分析当中原始read counts是如何被校正的，自然就不会放过差异分析的经典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法称为trimmed mean of...
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基于重测序数据计算 iHS 选择信号
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于单倍型的选择信号检测软件。iHS 通过比较单倍型频率的衰减...
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SIFT4G:预测氨基酸取代是否会影响蛋白质功能
SIFT4G[https://sift.bii.a-star.edu.sg/sift4g/Commandline.html] 使用方法：1.下载对应物种的SIFT数据库htt...
