1. Basics 加载dataset - use ''path\to\file'' 清除dataset - clear 简单运算 - display 变量的储存 - sc...
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@浩渺予怀 后来有真香现场
实验记录12: scanpy轨迹分析的大型翻车现场
3月29日 天气晴 心情雷暴 Preprosessing the data Denoising the graph（will skip it next time！） ..di...
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@Weizhen_dd13 不客气
实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
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我去官网看了下貌似是没有设置输出路径的参数，大概只能等它输出完之后才能重命名或移动文件夹到你想要的路径了。
实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
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@Will_77c8 高校实验室的配置hhh私发咯
实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
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@哦哦_08ee 这个也是报告中含有的内容
实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
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抽样？如果你是说上面两个t-SNE聚类图的话，就是outs中的html格式报告中截图下来的
实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
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@MC学公卫 这个数据库其实还是很不成熟的，数据量很小也不太准确，所以只能找个大概，更可靠的来源还是文献。。。
实验记录13: scanpy细胞分化轨迹推断大型真香现场
与上次翻车实验的不同： 过滤了更多的细胞和基因。在处理数据时，低质量的细胞一定要清除掉，告诫大家宁缺毋滥。。。否则后续分析真的是一堆的噪点。 跳过了scanpy中的降噪步骤。...
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@frankysuperior 这个步骤其实看似简单，但工程量非常大。主要利用了一个叫cellMarker的数据库，就如你所说的选取每个cluster的前几位marker基因，一个个检索，另外也结合了相近的研究文献的结果对照着看。后来我实验室的同学写了个小程序帮我把那个的数据库里的数据都爬下来了，工作量减轻了不少。。
实验记录13: scanpy细胞分化轨迹推断大型真香现场
与上次翻车实验的不同： 过滤了更多的细胞和基因。在处理数据时，低质量的细胞一定要清除掉，告诫大家宁缺毋滥。。。否则后续分析真的是一堆的噪点。 跳过了scanpy中的降噪步骤。...
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@智障多年_5c72 不太了解诶。。有可能
实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析
概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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@不加糖也很甜ww 建议自己看多两遍报错信息
实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类
版本信息： Seurat v2.0不是3.0！现在Seurat更新了3.0版本，下载也是默认的3.0，这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Cellranger中的基因表达矩...
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@我是刘小逗 基因的索引号，解释起来有点复杂，需要结合两外两个文件一起对照看，这是个疏松矩阵。
实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类
版本信息： Seurat v2.0不是3.0！现在Seurat更新了3.0版本，下载也是默认的3.0，这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Cellranger中的基因表达矩...
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@我是刘小逗 谢谢！应该是版本的问题，我写这篇记录的时候还只有旧版，现在你用的版本如果是3.0的话所用的参数就不一样了
pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200)实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类
版本信息： Seurat v2.0不是3.0！现在Seurat更新了3.0版本，下载也是默认的3.0，这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Cellranger中的基因表达矩...
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ggplot2：堆积柱状图与饼图间不得不说的故事学会用ggplot2画堆积图就等于学会画饼图，这样一石二鸟的干货，还不继续往下看吗？ 堆积柱状图（或百分比堆积图）与饼图都是我们常用的直观描述数据占比的手段，它们的区别主要就...
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@街捔 好的，谢谢
实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类
版本信息： Seurat v2.0不是3.0！现在Seurat更新了3.0版本，下载也是默认的3.0，这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Cellranger中的基因表达矩...
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@智障多年_5c72 要么聚类参数调的分辨率低，要么这两种细胞同属一类细胞
实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类
版本信息： Seurat v2.0不是3.0！现在Seurat更新了3.0版本，下载也是默认的3.0，这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Cellranger中的基因表达矩...
