@周运来就是我 max_components这个维度改为3之后，是变成三维了吗？可我看命令说明的时候这个参数直接就被定义成了2
scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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@尧小飞 调整PCA数目不是在seurat中改变了分群吗，这个怎么会影响到拟时？order基因我在自己选择后没有什么变化，不知道怎么调整了
Monocle拟时间分析随笔
输入文件导入方法 Monocle拟时间导入数据方式有两种，一种是通过导入Seurat对象，一种是导入cellranger输出的表达矩阵（三个文件barcodes.tsv g...
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@周运来就是我 调整ordering gene 吗，维度怎么调整，这个我不太明白，还请赐教
scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程
拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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楼主，请问为什么明明在发育上有明确前后关系的细胞群，做出的拟时轨迹不是一条线，而是会有一个分支，怎么才能将这个分支给去掉？
scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程
拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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monocle2可以做出没有分支点的拟时轨迹吗，要怎么做
Monocle拟时间分析随笔
输入文件导入方法 Monocle拟时间导入数据方式有两种，一种是通过导入Seurat对象，一种是导入cellranger输出的表达矩阵（三个文件barcodes.tsv g...
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要求R与python安装在一个目录下吗
reticulate: R interface to Python
作者：JJ Allaire 翻译：黄小伟，先后从事游戏、社交及金融数据研究及应用相关工作，目前就职网易杭州 一. 基础介绍 CRAN已于2018年3月21日收录reticul...
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知乎@黄小伟Yeah｜专栏：中国R语言社区<br>公众号：表哥有话讲、R语言中文社区
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现在ｍｏｎｏｃｌｅ是不是不支持从ｓｅｕｒａｔ Ｖ３导入数据了
实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析
概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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在做两个完全不同细胞样品的聚类分析时，为什么也会被聚在一起，成为一个CLUSTER
实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类
版本信息： Seurat v2.0不是3.0！现在Seurat更新了3.0版本，下载也是默认的3.0，这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Cellranger中的基因表达矩...
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RAIR是啥啊
PAIR陪伴的圆梦留学旅程
（不是软文，真实经历） 万万没想到，在踏入PAIR的办公室那一天，竟然是将我人生轨迹扭转的开始。 我是一名来自中山大学的标准中等生，攻读生物技术专业，GPA在三等奖边缘来回试...
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请问一下：genes.use <- intersect(genes.use, rownames(LBZ_N_5_RNA@scale.data))
这一步报错，说找不到LBZ_N_5_RNA？单细胞转录组测序分析--再说Seurat
上期我们讲了使用Seurat分析单个样本，那么2个或多个样本的分析会有哪些不同呢？单细胞转录组数据中一个重要的问题就在于批次效应，任何一个试验步骤都容易带来批次效应，多个样本...
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可以在tSNE图上，以细胞来源分类吗？
单细胞转录组测序分析--初探Seurat
单细胞转录组测序--闲言碎语 时代发展的步伐总是毫不留情的将你甩在身后，连车尾灯都看不见。当你还在沉迷于普通转录组数据挖掘时，已经有人悄悄的搞上单细胞了。单细胞转录组测序，顾...
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因为简书平台近期更新不了，近期会在语雀更新。。。继续生信学习
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@MC学公卫 收多个时间的样品，我希望能做出按时间分类的tSNE图，但现在我只能做出来按cluster分类的图
实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析
概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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大神，怎么给每个细胞追加时间标记呢
实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析
概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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中山大学在读大四学生，生物技术专业，课题方向为生物信息学。未来攻读公共卫生硕士学位。
