发简信
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GSEA相关笔记整理网页上关于GSEA富集分析的教程很多，对自己这个生信小白来说比较简单通俗易懂的当数生信宝典和生信技能树的教程了。感谢大佬们的付出。下面是自己整理...
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Seurat：计算cluster的细胞比例和绘制堆叠条形图
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细...
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小记
因为6月份开始备考执医，加上其他实验在做，断更了许久。后续会慢慢恢复到生信学习的状态。最近也在整理自己分析的单细胞数据结果，感觉不是特别满...
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Seurat （v3.0）object的结构组成assay的slots主要有6个： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未经normalized data：是经过...
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如何将Seurat3.0版本的object转换为monocle的CDS
之前Monocle2直接输入Seurat object只适用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的is...
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monocle常用命令总结
Monocle是单细胞分析的常用R包之一，可进行细胞类型鉴定、差异表达、伪时间分析等。 1.安装Monocle 支持环境R3.4以上版本 获取M...
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找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析
单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包：S...
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week2：Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells U...C1和C2代表表达Nr2f2的前体细胞 C1:代表早期前体细胞，来源于 E10.5 ~E13.5的性腺体细胞，主要表达标志物Nr2f1，在XY的...
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conda常用命令
刚刚尝试用conda管理自己用的一些生信软件，这里记录常用的一些命令 linux系统上下载并安装conda： wget -c https://m...