网页上关于GSEA富集分析的教程很多，对自己这个生信小白来说比较简单通俗易懂的当数生信宝典和生信技能树的教程了。感谢大佬们的付出。下面是自己整理的个人学习笔记，可能有理解不对...
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GSEA相关笔记整理 -
Seurat：计算cluster的细胞比例和绘制堆叠条形图
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞...
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StatQuest生物统计学专题学习
里面有介绍文档以及所有下载的视频。感谢生信菜鸟团组织人员的付出。 链接：https://pan.baidu.com/s/1ox9e3mEr37iDMUch9oj79Q 密码：...
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生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习
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celaref ||单细胞细胞类型定义工具Sarah Williams (2019). celaref: Single-cell RNAseq cell cluster labelling by reference....
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Seurat （v3.0）object的结构组成assay的slots主要有6个： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未经normalized data：是经过normalized的表达矩阵...
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如何将Seurat3.0版本的object转换为monocle的CDS
之前Monocle2直接输入Seurat object只适用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的issue处表明暂时还未有直接将S...
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monocle常用命令总结
Monocle是单细胞分析的常用R包之一，可进行细胞类型鉴定、差异表达、伪时间分析等。 1.安装Monocle 支持环境R3.4以上版本 获取Mnonocle： 先安装Bio...
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找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析
单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包：Seurat、clusterPr...
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week2：Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells U...C1和C2代表表达Nr2f2的前体细胞 C1:代表早期前体细胞，来源于 E10.5 ~E13.5的性腺体细胞，主要表达标志物Nr2f1，在XY的性腺早期前体细胞也表达 C2:...
