转自“果子学生信” 一、首先获取用于转换的probe2symbol文件： 第１种方法 直接用平台数据(网络不好的可以直接略过) 转换成数据框形式 基因名隐藏在gene_as...
发简信
IP属地：湖南
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GEO芯片数据的探针ID转换
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GEO下载与分析
转自果子学生信1.加载R包获取数据 2.通过pData函数获取分组信息 3.通过exprs函数获取表达矩阵并校正 4.判断是否需要进行数据转换 5.注释基因 6.探针转换与基...
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pheatmap
一、 创建一个随机矩阵10x20 二、作图１.基本作图 scale是指对数值进行均一化处理，在基因表达量的数据中，有些基因表达量极低，有些基因表达量极高，因此把每个基因在不同...
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设计复杂差异比较矩阵
例：查看pData 其中title部分告诉了我们分组信息，2小时和18小时，每个时间段又有vehicle control, PE1.3 embolized, PE2.0 em...
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差异分析是否需要比较矩阵
仔细观察下面的两个代码： 首先是不需要差异比较矩阵的： 然后是需要差异比较矩阵的： 两者结果是一模一样的。而差异比较矩阵的需要与否，主要看分组矩阵如何制作的！ 有本质的区别！...
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limma对芯片数据做差异分析
（转自http://www.bio-info-trainee.com/）需要三个数据： 需要三个步骤：表达矩阵lmFit分组矩阵eBayes...
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用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor
转自http://www.bio-info-trainee.com/1399.htmlgpl organism ...
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喜欢写代码的外科医生。
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GEO数据挖掘小尝试：（一）寻找共同差异基因在使用Bioconductor 分析芯片数据（一）中我们使用的是芯片的原始数据（即*.cel文件）进行分析，但在大部分情况下我们是可以利用GEO数据库中已有的表达矩阵来进行数...
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TCGA工具-GDCRNATools学习笔记介绍 GDCRNATools 是一个R包，提供标准的，易于使用和全面的管道，用于下载，组织和综合分析GDC门户中的RNA表达数据，重点是解读癌症中lncRNA-mRNA相关的...
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生信人的20个R语言习题及其答案-土豆学习笔记生信人的20个R语言习题 http://www.bio-info-trainee.com/3409.html生信人的20个R语言习题 答案 http://www.bio-...
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搬砖的工人<br>
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生信人应该这样学R语言--Jimmy，20讲积跬步，至千里 1.介绍R语言及RStudio 1.1 安装R 包和Rstudio1.2Rstudio四个区块，区块，history（to source，to console...
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R语言练习题10道，有答案代码，还有视频来源：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html答案：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili...
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生信技能树，生信菜鸟团，jimmy
