肿瘤不是单纯的恶性细胞群，而是由不同类型细胞组成的复杂生态系统。在这些细胞中，肿瘤浸润免疫细胞在肿瘤控制和治疗反应中起着核心作用。例如，细胞毒性...
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免疫浸润分析方法 -
测序数据简单分析流程2021/03/25 一、测序数据下载 NCBI SRA 数据库 【使用说明[https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Tr...
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estimate 包所有函数超详细解读及计算免疫浸润评分estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤的RNA-seq的signtu...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT...
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对于多表型数据如何利用limma包进行差异基因分析
写在前面最近在做GSVA，做到我有点自闭，不是因为这个算法有多难，而是他所耗费的时间有点夸张。加上校园网这两天时不时“调皮”一下，做了两次，等了...
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数据分析：基于DESeq2结果的基因富集分析介绍 DESeq2常用于识别差异基因，它主要使用了标准化因子标准化数据，再根据广义线性模型判别组间差异（组间残差是否显著判断）。在获取差异基因结...
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箱线图、热图、火山图、PCA、韦恩图全部拥有0.输入数据 在生信星球公众号聊天窗口回复exp777即可获取，里面的数据如下： 我的小R包，从写着玩到用起来，日渐丰满了。今天的更新，1.5以...
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maSigpro建模代码分析之make.design.matrix前言 之前我们介绍了maSigpro的基本建模方式：分析时间序列的RNA-seq tool[https://www.jianshu.com/p/...
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高通量测序数据处理学习记录（三）：Pathway Analysis及GSEAPathway Analysis讨论及基因富集分析软件（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）使用实战 在所有物是...
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GSVA + limma进行差异通路分析
一般我们做GSEA都是先进行差异基因分析，然后取差异倍数排序结果进行GSEA。但如果你没有条件进行差异基因分析也可以进行GSEA，这就是ssGS...
专题公告
GEO数据挖掘
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