hello，大家好，又是周五，一周又将过去了，时间总是匆匆，片刻不停留，我们唯一能做的，就是在时间流逝的过程中，留下点印记，虽然我们穷，找不下对象，但是过的开心也是成功~~~...
IP属地：天津
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10X空间转录组分析之空间模式与共定位 -
英国日期的表达方式有一次给英国的同事发邮件，因为事情紧急，我写的很快，写完就发，没注意把日期改一下，直写成最简洁的数字：7.16。 果然，英国人回我邮件之后不忘PS：the date shou...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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DoHeatmap画热图时应该注意的点日常瞎掰 通过标题大家已经知道今天我们分享的主要内容了。DoHeatmap这个函数来自于Seurat包，处理过单细胞的人应该都知道这个函数就是用来画每个cluster的m...
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单细胞36计之29---错误：无法分配大小为6.9Gb的矢量
29、第二十九计 树上开花比喻将本求利，别人收获。此计是说借助某种局面（或手段）布成有利的阵势，兵力弱小但可使阵势显出强大的样子或者是弱小的部队通过凭借某种因素，改变外部形态...
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贴壁细胞非变性总蛋白co-immunoprecipitation原理，步骤和注意事项
免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）是使用能够特异性结合目的蛋白质的抗体将目的蛋白从溶液中沉淀出来的技术。该方法可从含有数千种不同蛋白质的样品中分离和浓...
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教程- Image J 计数（手动和自动2种方法）
细胞计数怎么整？ 靠心算？ 那小编只能向您致以崇高的敬意了。 养细胞、拍照、计数可谓是科研界的铁人三项。 减轻科研压力，从应用软件做起！ This is the div...
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多个切片的空间转录组基因表达图（tsne降维图/空间分布图）修改颜色一、加载包 二、下载测试数据 三、合并多个切片，同时进行基础分析 四、绘制基因表达的tsne图,也可以画umap图，看个人喜好 五、绘制基因空间分布图
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单细胞数据分析中future包的使用跑锚点整合的时候遇到报错 提示future.globals.maxSize不足解决办法参考：stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
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seurat V5升级：一些常见报错1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratO...
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10X空间转录组基因相关性分析之schex（寻找空间细胞单元）hello，今天分享一个重要的内容，在空间上寻求基因的相关性，当然，也可以利用这个方法寻找我们的空间细胞“单元”，我们来看看详细的分析。 我们知道，空间分析中常见的是解析每个...
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UMAP图上同时展示多个marker基因
最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后来也是思考了一些时间，慢慢解决了这个问题。 首先，Seura...
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10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）hello，大家好，今天我们来深入分析一下有关10X空间转录组的共定位分析问题，其实有关共定位问题呢，之前的一些文章也都分享过，文章在空间转录组细胞类型的spot dista...
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10X空间转录组时空基因细胞动态（共定位）绘图作者，追风少年i~ hello，周四了，昨晚有超级月亮，又大又圆，古人描写月亮的诗非常多，有苏轼的人有悲欢离合，月有阴晴圆缺，有李白的举杯邀明月，对饮成三人；有张九龄的海上生...
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IGV加载很久很烦人？三步帮你解决！刘小泽写于19.10.28 相信大家都遇到过，这个烦人的loading~ 这是因为IGV的设计者默认全球都能访问他们的网站，但是，广大的国内用户做不到啊！ IGV启动每次都要...
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单细胞celltype颜色、顺序设置今天我们这一期要说的内容其实很简单，之前我们在写其他内容的时候或多或少的提到过，但是奈何问的人实在很多，次数也很多，所以索性这里出个帖子，将这个问题直接综合起来讲一下。这个内...
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单细胞之轨迹分析-3：monocle3轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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Monocle拟时间分析Monocle可以进行下面三种类型的分析，可以与seurat无缝连接： 1 对细胞进行聚类、分组和计算；2.进行拟时间分析；3.差异表达分析； 2.Constructing ...
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