hello，今天我们继续来分享分析代码部分，这一次，我们直接用单细胞Seurat 的分析结果联合VDJ进行分析，话不多说，直接开始。 写出h5ad 开始分析,数据大家换成自己...
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10X单细胞（10X空间转录组）转录组 & VDJ 联合分析（14）之CoNGA -
单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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“我不想24岁了，还花家里的钱”
今天接到一个小姑娘的咨询，她问我的公众号有没有兼职可以提供，她可以做一些简单的下游分析赚点外快。 我说没有呀。 科研服务是个苦差事 其实倒是经常有一些读者来求助，想要找我们做...
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超全总结--单细胞+空间转录组的整合分析方法总结这一篇我们做一个详细的总结，周五了，疫情还没结束，父母也都老了，有时候真的感觉身为儿子实在不孝，常年在外，回家很少，家里有点事父母也不会跟我这个儿子说，小病小灾的也舍不得去医...
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单细胞之轨迹分析-6：velocyto.R+Seurat轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂，并画热图
之前写过三篇和CNV相关的帖子，如果你做肿瘤单细胞转录组，大概率看过： 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/...
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RNA 速率学习笔记最近学习画单细胞的拟时序轨迹图，有一些收获。大家经常使用的一般是monocle，DPT等；RNA velocity是一个比较复杂的方法，它通过细胞转录时细胞内成熟mRNA和m...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
