为什么每次打开Xshell终端，都要source一下.bashrc? 为了弄明白这个问题，首先，我们需要搞明白Linux启动时读取配置文件的顺序。在刚登录Linux时，首先启...
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Linux学习笔记(五)：解决.bashrc文件每次打开终端都需要source的问题
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基于Scanpy AnnData的细胞自动注释：SCCAF对SCCAF的基本介绍[https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA] 单细胞聚类评估框架（Single-Cell Cl...
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ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
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R x相关性计算时缺失值的处理
我们拿到的观测数据常常是有缺失值的，有时候基于数据分布是可以预测缺失值。有时候却是不能，比如缺失值太多，数据量太小。因此，计算相关性时需要考虑到缺失值的使用。在R中的基础函数...
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BBKNN：python单细胞样本整合和批次效应处理算法2020.09.09 本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的...
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有时候慢一点，反而比较快
我们单位有个同事，两年前辞职了 这两年前来不停地在换赛道，昨天听到另一同事说，今年投的项目又黄了，上个月彻底结束了 他们在国庆聚餐碰面，离职同事又看到了一个新项目，正请教这个...
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如何解决心态上的“飘”
你看这个人有点“飘”，当你听到这样的话时，你的看法多半是，这个人有点得意和骄傲了。 但还有一种“飘”的表现形式是，放弃努力，不思进取，觉得现状很好，躺平的心态也叫“飘”。 用...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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从gtf提取ENSEMBL ID和transcript ID以及SYMBOL对应关系做可变剪切分析时，会依次进行基因水平和转录本水平的差异分析，最后通常需要进行ENSEMBL ID和 transcript ID (ENSEMBLTRANS)以及gene sy...
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使用seqkit批量替换序列ID
在进行组装和比对过程中，要将测序ID替换成物种学名，一个一个替换太慢了，发现seqkit有这个功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
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SeuratData内置数据集的安装使用
SeuratData SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集...
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单细胞与GWAS数据的联合分析复杂性状的细胞类型表达特异性整合（CELLECT）是一个计算工具包，用于识别复杂性状潜在的可能病因细胞类型。CELLECT利用现有的遗传优先级模型，在识别可能的病因细胞类型时...
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高分文献解析｜利用单细胞+GWAS数据研究帕金森文献信息 【文章标题】Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Park...
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去卷积是什么？在单细胞转录组中怎么用1？个人简单理解大家好，好久不见，公众号目前只有我一个人在写，随心情更新。之前一直在说孟德尔随机化的话题，今天聊聊单细胞。很多我已经习以为常的东西可能很多人完全不懂，或者看见这一类题材就怵，...
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超快超省事！统计 Fasta 文件/序列相关信息写在前面 我经常使用一个不起眼的功能，Fasta Stat。但从未写过相关推送。主要是其使用过于简单，只要把 Fasta 序列文件放进去，点击 Start 就可以了。早上起来...
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samtools-faidx用法
faidx： samtools faidxxxx.fa 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一...
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Anaconda的python环境安装pyarrow
PowerShell输入以下命令： conda install -c conda-forge pyarrow 如果不是Anaconda环境，只能说我走过这样的路，坑特别多，特...
