听风吟悦

流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前...

听风吟悦

如果要做外部验证要怎么做呢？在别的数据集重新聚类然后看预后吗？

实战-TCGA数据的NMF聚类和可视化

0.NMF NMF是非负矩阵分解，也是常用的划分亚组（亚型）的聚类方法之一咯。 代码主要参考了帮助文档和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....

小洁忘了怎么分身

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听风吟悦

原理是不是最大约登指数？

【R】标注ROC曲线上最佳cutoff点

前面小编跟大家分享过 今天我们来聊一下怎么将这个最优的cutoff值对应的点在ROC曲线上面标注出来。废话不多说，直接上代码 我们可以得到下面的图

生信交流平台

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听风吟悦

@我们一起舔过铁栏杆 谢谢老师

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...

庄小尽

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听风吟悦

小洁老师请问这个是成熟体miRNA的下载方式吗？

听说你想要TCGA的新版miRNA表达数据

TCGA的下载方式更新了，miRNA也跟着动一下。 1.查看TCGA的33个癌种 2.下载数据 使用的是TCGAbiolinks里面的函数，受网络限制，有可能下载不成功。 3...

小洁忘了怎么分身

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听风吟悦

@我们一起舔过铁栏杆 那请问怎么去识别这些基因的别称呢？一个基因有好多别称该怎么找呢？

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...

庄小尽

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听风吟悦

求教NMF或者CC聚类怎么做外部验证，有必要做外部验证吗？

NMF层次聚类

微信：基于R语言利用NMF(非负矩阵分解)替代层次聚类进行肿瘤分型层次聚类最后是将样本根据表达量进行了分类，可以用于样本的分型，但是不能用于基因分cluster。

医学小白学生信

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听风吟悦

请问NMF聚类需要外部验证吗，要怎么做外部验证呢？

实战-TCGA数据的NMF聚类和可视化

0.NMF NMF是非负矩阵分解，也是常用的划分亚组（亚型）的聚类方法之一咯。 代码主要参考了帮助文档和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....

小洁忘了怎么分身

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听风吟悦

请问这个跟直接去MSigDB下载gmt文件有什么区别呢？

批量提取某通路基因并用于下游分析

前言：实验中往往比较关注某一信号通路基因的表达变化，而通过文献检索或利用转录组测序结果筛选，往往信息不全，缺乏系统性，如何提取出重点关注的信号通路上所有基因的序列，并进行下游...

谢俊飞

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听风吟悦

tableone是帮助我们快速生成文章中table1表格的一个包，通常来说一篇SCI文章的第一个表都会给出样本的基线情况。而tableone就是可以帮我们快速地汇总描述所有样...