流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前...
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有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）
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一文理清常见的基因富集分析
前言 对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组...
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如何用转录组数据定量肿瘤浸润免疫细胞有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润 方法很多，这里先选个简单一点MCPcounter，GEO和TCGA数据都可以分析，更重要的是因为包治百病=. = MCPcounter 加...
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R数据分析：tableone包的详细使用介绍
tableone是帮助我们快速生成文章中table1表格的一个包，通常来说一篇SCI文章的第一个表都会给出样本的基线情况。而tableone就是可以帮我们快速地汇总描述所有样...
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19种回归分析你知道几种呢？只要学习过数据分析，或者对数据分析有一些简单的了解，比如使用过SPSSAU、SPSS这些统计分析软件，都知道有回归分析。按照数学上的定义来看，回归分析指研究一组随机变量(Y1...
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批量处理——基因与免疫细胞的相关性循环作图相比于网页工具，使用编程语言处理科研数据的一大优势，在于高度的定制化，以及批量处理数据的快捷性和高效性 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.j...
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临床生信文章普遍存在的两个统计问题
临床预后模型，大多包含风险分层和独立预后分析两个验证分析，而很多文章在两个分析上存在不严谨。下面介绍一些分析的关键点。 1. 风险分层与cutoff 一般而言，预后模型会有训...
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量化免疫浸润时CIBERSORT的注意事项CIBERSORT的注意事项 CIBERSORT的使用，我们举了几个例子，但是还有一些疑问，只要有疑问在，就感觉心里不踏实。比如：1.CIBERSORT需要什么样的数据？是芯...
