接上一节（【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯[http://mp.weixin.qq.com/s?__b...
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【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果 -
CellphoneDB 方法 3（差异表达）
在这个示例中，我们使用方法 3 (degs_analysis_method) 来研究在滋养层细胞 (Trophoblast) 分化和侵入母体子宫过程中，血管周细胞 (PVs)...
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CellphoneDB V5CellphoneDB工具通过利用我们的CellphoneDB数据库中与单细胞转录组数据交互的分子，提供不同的方法来评估不同细胞类型之间的细胞间通讯。 v5 的新特性 新的P...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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无生物学重复的差异分析—Gfold一、安装gfold Gfold软件是做没有生物学重复样本首选的软件https://zhanglab.tongji.edu.cn/softwares/GFOLD/index.h...
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环状柱状图+散点柱状组合图绘制，基于SCIPainter原文教程：环状柱状图+散点柱状组合图绘制，基于SCIPainter教程[https://mp.weixin.qq.com/s/WohiJrhfXsW22xpaeTipRQ] ...
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R绘图—Ternary的绘制(三元图)三元图的应用场景：三分组以上, 直观展示某个因素（可数值量化的）在三个条件下的倾向性！ 1. 直观展示基因表达在三组的表达偏向性 首先清除环境，安装并加载所需要的R包 载入数...
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答读者问(8)：如何批量查询marker基因(对应的蛋白)会不会在膜上表达？做实验的朋友们对这个问题应该是很感兴趣的，因为涉及到后续能不能实验验证。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文献，查网站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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指挥chatgpt写一个调用自己api并回复问题的shiny程序自从chatgpt开放了gpt-3.5-turbo的API后，调用API的成本大大降低，今天使用网页版chatgpt写一个调用gpt-3.5-turbo进行聊天的shiny程...
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多种方法实现基因ID SYMBOL 与 ENTREZID转换方法一 ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）ID转换用到的是bitr()函数，但我的SYMBOL 转 ENTREZID...
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Seurat教程 || 分析Cell Hashing数据Cell Hashing是与NYGC的技术创新小组合作开发的，它使用低聚标记（oligo-tagged）抗体来标记表面蛋白，在每个单细胞上放置一个“样本条形码（sample ...
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ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol(gene_name)的情况，而...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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scanpy下对应R语言subset提取细胞自己的实现
需求一：从adata.obs 的'batch' 列里提取包含['batch_1','batch_2','batch_3','batch_4']的细胞样本 需求二：提取出包含细...
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【单细胞转录组】人类T细胞亚群分析Marker基因汇总T 细胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效应T细胞）： 辅助...
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利用scanpy进行单细胞测序分析（三）Marker基因的可视化其实这一部分在前面就已经涉及到一些，不过官网既然把这部分拿出来单独作为一大块讲解，可能也是因为这一部分可供选择的可视化方法有很多。对于图片的优化上也有比较详细的介绍。 官网这...
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【单细胞】PCMDB：植物细胞标志物数据库生物学中最基本的问题之一就是哪种类型的细胞以功能协调的方式形成不同的组织和器官，单细胞测序技术的出现使得科研人员可以在单细胞分辨率下研究细胞表型和细胞行为。单细胞测序技术最有...
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Smart-seq2上游分析（kallisto版）
尽管10Xgenomics已经占据了单细胞测序的主流市场，Cellranger工具的开发也一站式解决了单细胞数据上游分析的难题。但是Smart-seq2仍然具有独特的优势，并...
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10X空间转录组之空间共定位的一点思考和代码作者，Evil Genius 在之前的分享中，分享了空间共定位的实现方法，但是今天回看文章的时候，又有了一点新的体会，看来温故而知新，实时温习很有作用。 我们来看看文章Spa...