还记得之前我们发过的热图吗？ 样品之间聚类的时候发现对照和实验组混合到了一起。这是由于样品一致性差造成的，这种情况很多时候都会遇到。一般的做法是放弃列的聚类。但是我不，很多文...
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热图2：分组聚类，让热图分裂 -
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R语言数据处理替换操作（含gsub函数常用示例）——实战单细胞信息注释函数 2022-07-01
适用背景 在R语言中，我们需要对字符串、向量和数据框等数据类型进行替换操作，有时候是因为需要更换别名，有时候是因为数据存在错误需要修正，有时候则是因为需要删除某些信息。本文将...
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拟时序分析简要内容--拟时序分析的定义--结果解读--------做出结果（cluster、state）--------确定起始点--------做start····end的图（并且映...
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安装R包出现load failed错误
前言 最近刚回来，发现实验室服务器各种bug，首先apt升级了一些软件，然后老版本的R 3.3.1升级到了3.6.1，于是乎出现以前安装的包不能在当前版本用 于是跟着更新了一...
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R-BiocManager 报错无法联网
提示信息是 别人有的说是被防火墙拦截了，要重新设置什么的，看了一下太过于麻烦，但是从另一位[网友]（https://www.jianshu.com/p/0f9e5ae6564...
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R语言ggplot2分组的小提琴图加箱线图简单小例子首先是构造数据 set.seed()这个函数大家可能经常会看到这个函数，他的作用是保证自己模拟的数据和示例代码完全一致 作图是用groups做x轴，type填充颜色，每个gr...
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R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子部分示例数据如下 第一列是数值 第二列是处理一-第三列是处理二 最终出图如下 这里自动做统计检验的函数是 stat_compare_means() 首先是做箱线图和小提琴图的...
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单细胞分析实录(15): 基于monocle2的拟时序分析关于什么是“拟时序分析”，可以参考本期推送的另一篇推文。这一篇直接演示代码 monocle2这个软件用得太多了，很多文章都是monocle2的图。因为只使用表达矩阵作为输入，...
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请问运行“cds <- estimateSizeFactors(cds)
cds <- estimateDispersions(cds)”时报错：Error in if (isSparseMatrix(counts)) { : the condition has length > 1如何解决？跟着Cell学单细胞转录组分析(九):Monocle2拟时分析演示（上）
拟时分析是单细胞转录组高级分析内容，也是比较有价值的分析，拟时分析基本使用的都是monocle包，用的最多的是monocle2，我们以之前immun细胞中的0，3，7群Mac...
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单细胞基因集打分实操之irGSEA
Immugent在推文一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&mid=...
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AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活 1.R包的下载 2.需要两个文件，一个是s...
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深入理解R包AUcell对于分析单细胞的作用首先我们来看看对AUcell的介绍AUCell可以识别单细胞RNA序列数据中具有活跃基因集（例如signatures，基因模块...）的细胞。 AUCell使用“曲线下面积”...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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生物信息；python/R/Shell编程学习~<br>生信博士在读~ wx同号～
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使用Seurat 中自带函数画图遇到的问题1.FeaturePlot函数 FeaturePlot使用了split函数之后就没有legend了这个问题之前困扰了我很久 后来就下定决心解决一下 其实很简单就只是加个命令参...
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单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
