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使用QTLseqr进行BSA-seq分析QTLseqr是一个用于BSA-seq的R包，它能够读取GATK输出结果进行过滤，最终使用SNP-index和G 统计值的方法进行定位。我们这次尝试使用这个R包来替代我们自己...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（下篇）接着上一篇留下的问题，如何按照以1M为窗口，每次移动10Kb计算均值。我们以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位点结果为例，我们来增加这条线 原...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比较成熟化的流程分析，对服务器的要求比较高一些，下游分析则是对背景知识要求高一些，例如VCF的格式，遗传学的三大定律等。 让我们先安装并加载所需的R包...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！ HaploMerger2的分析流...
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R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot“气泡图”这个名字听着就很可爱是不是！今天让我们来看看这个气泡图长什么样，可以展示什么样的数据，以及如何用R作图。 什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个...
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如何用binmapr进行遗传定位binmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。 在阅读本文之前，请先花点时间看看Bin, Bin, Bin！...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）
BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目， 我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的E...
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GWAS--益处和局限性内容来自文章：Benefits and limitations of genome-wide association studies GWAS 注：染色质开放性（chroma...
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关于全基因组关联分析（GWAS）
全基因组关联分析是一种在人类或动植物全基因组中寻找变异序列的方法，全英文名为Genome-wide association study，缩写名为GWAS。 2005年，Sci...
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BSA,重测序完整篇重要声明：许多工具、文档是需要爬墙才能看到的，链接无法打开时，可能是被墙了。BSA综述2016年发表0.批量转移文件的方法find ./bwa -name '*2447-20...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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使用MutMap快速定位突变基因：原理篇缘起 在我的课题中，我们使用了BSA结合全基因组重测序的方法寻找候选基因。本人乃生信小白一枚，可是对生物信息学非常感兴趣，一直想学一些生信分析。索性就以此为切入点，开始了自学...
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