一些生物信息学用到的软件,工具,介绍用法安装以及以及应用的文章
🛠 测序组装使用的Spades、canu等等
🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等
🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等
🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等
🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO
🛠 微卫星序列查找工具misa等
🛠 call peak的工具macs2
🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版
🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等
🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等
🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等
🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME
🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST
🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome
🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等
🛠 数据可视化的工具circos
等等