一、简介 BWA,即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。它由三个不同的算法...
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 点击此处 查看最新版本 GATK 简单说明 GATK分析简要流程 所需数据 ref.fa rea...
call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA,使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程,并提供了基本的命令,用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等,在此分享出来...