写在前面 近期抽空基于OrthoVenn2给SapBase新增了一个比较基因组方面的模块。OrthoVenn2可对多物种全基因组直系同源基因簇比...
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Orthovenn2，搭建属于你的比较基因组学利器 -
群体选择信号分析群体进化与选择信号：●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件的洗礼，有的物种灭绝，有的物种...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列...
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phASER 计算等位基因表达
等位基因的特定表达（allelespecificexpression，ASE）数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变...
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用TBtools，快速高效实现基因组共线性分析与可视化， 赞！写在前面 对于没有做过共线性分析的小伙伴，可以通过以下几段内容，了解一下，我为什么要费劲巴拉画出这样一张图。 除了基因组成的相似性,在不同基因组...
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计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结 当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对...
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GATK4测试学习
Getting-started-with-GATK4 GATK代表GenomeAnalysisToolkit。 它是用于分析高通量测序数据的命令...
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gatk4使用总结
昨天看了gatk的官网，从2018年发布正式版的4.0.0开始，到现在已经更新到4.1.8，在速度和准确度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合...
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Samtools reheader
Usage 实操流程
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2021-05-07没有bam文件没有RG
问题起因：在用gatk进行HaplotypeCaller时，报错 原因是在用hisat2或者bwa比对是没有添加RG；hisat2（参数为--r...
专题公告
基因组组装、比较基因组等软件学习
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