关于snpEff：SNPeff比bcftools具有更多的注释功能。snpeff是用于变异注释的软件，其中的eff是effect的意思，也就是变...
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snpEff注释vcf -
snpEff注释变异位点信息SnpEff是一种变体注释和效果预测工具，它注释和预测遗传变异的影响（例如氨基酸变化）。 1. 软件安装 2. 运行 2.1 构建SnpEff数...
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最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及B...
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重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤
最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写 循...
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2018-02-07 记录一次变异检测实战过程
1 原始材料准备 双端测序材料： R1.fq R2.fq参考基因组： MH63.fa基因组注释文件: gff gft gff3 2 软件准备 f...
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snpEFF的使用
0.关于snpEff，建议大家去官网[http://snpeff.sourceforge.net/index.html]看一下作者。逝者已去，深...
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CNVnator安装使用说明最近在做WES数据分析，后期需要检测样本CNV的结果，于是看到cnvnator这个软件，导致我未来的一周在坑中度过，翻看别人写的博文，不懂（什么...
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WGS--bwa+gatk+snpEff流程
一、step0.0.creat_dirlist.sh 二、step0.environment 三、step1.bwa+sort+markdup+...
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基因型填充之后如何过滤比如 个体分型率 < 90% 某一个样本测出来的标记小于全部标记的90% 标记分型率 < 90% 某一个标记只在小于90%的样本中存在 最小等位...
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GWAS 总体流程理解版
自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操 一. 相关概念理解 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性...
专题公告
重测序分析
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