参考文章：http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/https://cloud.tence...
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Annovar 注释SNP
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SNP功能注释常用数据库1、GWAS4D 网址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 2、SNPnexus 网址：https://www....
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在：htt...
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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GATK4全基因组数据分析最佳实践,我以这篇文章为标志,终结当前WGS系列数据分析的流程主体问题 | 完全代码这是我根据之前的WGS系列和GATK4实践文章进行重新梳理之后确定下来的分析流程，这是一个WGS的最佳实践，它基于GATK4和我的实际经验，稍作...
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VCF格式文件的shell小练习
前期准备,生成vcf格式 1.把突变记录的vcf文件区分成 INDEL和SNP条目 2.统计INDEL和SNP条目的各自的平均测序深度 3.把I...
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GATK4.1 call SNP
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可...
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