魔都科研狗
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代谢组数据分析概论
代谢组学（Metabolomics）是研究生物体中小分子代谢物的种类、浓度及其动态变化的学科，能提供生物学过程的最终表型信息。代谢组分析可以结合少样本与群体数据进行多层次研究...
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微生物组+代谢组，发现基于肠道微生物的疾病标志物肠道微生物与我们的生命健康息息相关，多种疾病的发生与肠道内菌群的紊乱密切相关，比如：消化系统疾病、内分泌系统疾病、精神系统疾病、自身免疫性疾病以及一些感染性疾病。 为了探究肠...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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无知者无畏
最近在做一个SCENIC 下游的分析，看到了一个叫CSI（Connection specificity index）的东西，大概的原理就是利用AUC的分数通过pearson相...
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无知者无畏
最近在做一个SCENIC 下游的分析，看到了一个叫CSI（Connection specificity index）的东西，大概的原理就是利用AUC的分数通过pearson相...
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2019-08-20 【三代测序】有参转录组注释评估软件 MatchAnnot
matchAnnot iso-seq注释软件 https://github.com/TomSkelly/MatchAnnot MatchAnnot is a python ...
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pacbio 三代全长转录组数据分析流程Iso-seq基础概念，转载自https://blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505[https://b...
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Chicdiff使用Capture Hi-C 是一种检测至少在一端涉及感兴趣的 DNA 区域，如基因启动子染色体相互作用的有效方法。 Chicdiff，是一个用于捕获 Hi-C 数据中差分相互作...
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基于barcode拆分二代序列
为了节约成本，研究者们通常会把多个样品混在一个文库，并给不同样品加上一段 Barcode 序列。在后续的生物信息分析中，根据 Barcode 序列即可将不同样品的序列拆分开来...
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主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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BUSCO 评估基因组组装质量和完整性工具使用BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进化（有参比对）评估基因组组装和...
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跟着NC做基因组数据分析本期内容为[跟着NC做基因组数据分析]，这是你需要的教程，对你一定有帮助。 前言今天花费找文章，看到一篇关于基因组，组装的文章，主要是里面的图吸引了我的关注。后面仔细一看，作...
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GSAman | 目标染色体区间的快速基因结构注释前述，IGV-GSAman 的功能已经更新七七八八，基本可以满足绝大多数情况下的基因结构注释矫正工作需要。不过，我最近带娃比较多，这些时候做不了事情，也只能想一些旁门左道。大...
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基因组结构注释软件列表
基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（tra...
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偶尔更新，需要沉淀
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请问您知道如何合并多个样本的 cuteSV 的结果吗？
cuteSV鉴定SV
一款用于鉴定三代长reads（HiFi, ONT, CLR）的软件。经作者检验，其准确度高于pbsv, svim, sniffles。 安装 简单使用 当然，对于不同类型的l...
