前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
IP属地：山东
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯 -
aglient芯片原始数据处理本文讲的是aglient芯片原始数据的处理，参考资料是limma 的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期，比如是空的，或者是有负值的，那我们就处理一下...
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报错处理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found
在使用Seurat进行单细胞分析时，使用FindNeighbors函数功能时，出现下面的报错 这是Matrix这个包有问题，需要更新Rtools，并重新装载Matrix这个包...
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R报错-gather & spread 函数，有新版替代函数做一个练习题，以为很简单，但是却碰到问题 1.将iris数据框的前4列gather，然后还原 还原 错误: Each row of output must be identi...
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听说你想要TCGA的miRNA表达数据
以前都是直接拿前体数据去处理，今天偶然在群里看到，想用isform做一下试试。我非常喜欢gdc-client这个官方下载工具,它的数据以样本的方式组织，优点是可以随便组和，缺...
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R爬虫必备基础——CSS+SelectorGadget
CSS的简单介绍 CSS，全称叫作Cascading Style Sheets，即层叠样式表。“层叠”是指当在HTML中引用了数个样式文件，并且样式发生冲突时，浏览器能依据层...
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数据框某一列含多种重复值时，分别重命名的两种方法处理各种各样的数据总会遇到各种各样的状况，比如： 含相同序列名称的fasta文件用于比对是会报错的，要解决就需要给序列重命名，于是自然而然想到给它们加个12345… 方法1 ...
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初识递归（R和Python讲解）从零开始学递归 以前在Leetcode上刷sql题目的时候，碰到过许多较难的题目需要使用到递归的方法去构造一个字段，当时对于递归是望而生畏，迟迟不敢下笔研究，只是了解递归在S...
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三维点图和三维PCA图3dscatter 1.ggplot2画三维点图 很轻松找到了R包，然鹅不是很完美的样子。 2.scatterplot3d 一个不属于ggplot2体系的特立独行的R包，画起...
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白话“主成分分析” 1 ：主成分分析用于降维的思想
白话“主成分分析” 1 ：主成分分析用于降维的思想 [TOC] 1. 什么是主成分分析 主成分分析，即分析“主成分”，找到“主成分”，英文是 Principal Compo...
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我试了一下，临床信息中胃组织样本209个，但是表达矩阵只有其中174个，楼主的结果是这样么😋
2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载
数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
