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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（一）：Train cell type classifiers
image Garnett包简介 Garnett是一个根据单细胞表达数据自动进行细胞类型分类注释的R包。Garnett使用单细胞表达数据和细胞类型定义（marker）文件，训...
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生物数据格式 - SAM/BAM格式 sam文件是短序列比对生成的文件，是二代测序中最核心的文件。在RNAseq，变异检测等分析中，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二进制格式，转换为二...
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2019-08-06 sam格式文件解读
本文链接：https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972 第二章：生物信息分析 第一节：解读sam格...
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单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性转载来自：刘小泽 链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7[https://www.jianshu.com/p/e659a2f164...
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R批量读取、处理及写出文件
在对同一路径下多个文件做相同处理时，可以循环读取文件夹中的文件，批量读取，处理和写入文件，会大大提高工作效率，在R语言中，处理方法如下所示。 1.批量读取文件 2.批量处理文...
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谈谈转录组测序基础知识及常见问题转录组学(Transcriptomics)，是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速...
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利用salmon进行转录组定量(中) --R包下载--2019-05-14
时隔一周，再次挑战：：：之前一直没有装上DESeq2、airway、tximportData 和 tximport一直报错因此首先安装 今日份开心，，R包都安装完成参考：刘晓...
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快速计算基因表达软件：Salmon我们常见的转录组表达分析一般都是将reads比对至参考基因组或者转录组上，然后在基因或者转录本水平上定量表达丰度。 但最近在做小RNA分析时却遇到了没有参考基因组注释文件（g...
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单细胞转录组测序分析--初探Seurat单细胞转录组测序--闲言碎语 时代发展的步伐总是毫不留情的将你甩在身后，连车尾灯都看不见。当你还在沉迷于普通转录组数据挖掘时，已经有人悄悄的搞上单细胞了。单细胞转录组测序，顾...
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写给工程师的 Ubuntu 20.04 最佳配置指南最近 Ubuntu 发布了 20.04 LTS 版本，我也在第一时间安装体验。由于各种 Linux 发行版本并不像 MacOS、Windows 一样开箱即用，因此需要做很多配...
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