1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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DESeq2详细用法 -
使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（一）：Train cell type classifiers
image Garnett包简介 Garnett是一个根据单细胞表达数据自动进行细胞类型分类注释的R包。Garnett使用单细胞表达数据和细胞类型定义（marker）文件，训...
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生物数据格式 - SAM/BAM格式 sam文件是短序列比对生成的文件，是二代测序中最核心的文件。在RNAseq，变异检测等分析中，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二进制格式，转换为二...
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2019-08-06 sam格式文件解读
本文链接：https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972 第二章：生物信息分析 第一节：解读sam格...
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单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性转载来自：刘小泽 链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7[https://www.jianshu.com/p/e659a2f164...
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R批量读取、处理及写出文件
在对同一路径下多个文件做相同处理时，可以循环读取文件夹中的文件，批量读取，处理和写入文件，会大大提高工作效率，在R语言中，处理方法如下所示。 1.批量读取文件 2.批量处理文...
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谈谈转录组测序基础知识及常见问题转录组学(Transcriptomics)，是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速...
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利用salmon进行转录组定量(中) --R包下载--2019-05-14
时隔一周，再次挑战：：：之前一直没有装上DESeq2、airway、tximportData 和 tximport一直报错因此首先安装 今日份开心，，R包都安装完成参考：刘晓...
