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    文献学习1:NeST: nested hierarchical structure identification in spatial transcriptomic data(NeST:对空间转...

    文章简介 背景介绍 Result: Identifying nested, hierarchical structure with NeST(使...

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    SimplifyEnrichment:功能富集结果聚类去冗余和可视化

    文章简介 摘要 功能富集分析是生信分析基础的方法,对揭示感兴趣基因参与的生物进程至关重要,但是富集结果又长又冗余 很难总结 目前简化富集分析结果...

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    soupX原理介绍

    文章简介 背景简介 soupX可以是单细胞转录组数据分析中 质控中的步骤。基于液滴法的单细胞转录组测序,液滴有以下其中情况,理想情况的 是单个细...

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    单细胞与空间联合分析-CARD简介-20220721

    今天上午听了作者讲解CARD,基于去卷积方法进行空间与单细胞联合分析的软件,可以做: 单细胞cluster与空间数据联合 没有单细胞ref的数据...

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    空间转录组简介-2022-07-04

    空间转录组学简介 原理 step1:新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮,急速降温会导致细胞损伤,10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织:...

  • 如何看单细胞(或空间)亚群间关系2022-07-03

    方法1 umap降维图:亚群间距离越近,越相似 方法2 查看cluster间差异分析结果中marker基因,可从genecard中查看top的几...

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    几种细胞死亡简介

    细胞凋亡Apoptosis 触发的细胞凋亡通路内源性的线粒体途径(BCL-2途径)由BCL-2蛋白家族的促凋亡和抗凋亡成员调节外源性的死亡受体途...

  • TCGAbiolinks下载CNV数据存疑

    下载步骤 使用TCGAbiolinks下载BRCA CNV数据,发现 data.type不全面,仅含有三种 Copy Number Segmen...

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    2020-04-02 Rshiny 案例分享

    1 简介: 1.1 定义 1.2 优缺点 1.3 架构 2 ui对象包含的主要内容2.1 布局2.2 控件2.3 图片2.4 构建HTML元素 ...