1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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单细胞数据处理小细节汇总 -
单细胞系列课程-10 Trajectory inference analysis of scRNA-seq data视频链接：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJ...
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文献学习1：NeST: nested hierarchical structure identification in spatial transcriptomic data(NeST:对空间转...文章简介 背景介绍 Result: Identifying nested, hierarchical structure with NeST(使用NeST鉴定嵌套，层次结构)...
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SimplifyEnrichment：功能富集结果聚类去冗余和可视化文章简介 摘要 功能富集分析是生信分析基础的方法，对揭示感兴趣基因参与的生物进程至关重要，但是富集结果又长又冗余 很难总结 目前简化富集分析结果的方法是通过聚类，但是在不同c...
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单细胞空间数据分析人类胚胎肺细胞异质性的发育起源作者，Evil Genius 好了，开始这篇的内容。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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单细胞空间数据分析人类胚胎肺细胞异质性的发育起源
作者，Evil Genius 好了，开始这篇的内容。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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Python单细胞复现2022||01-文献阅读：致命COVID-19分子单细胞肺图谱这篇文献提供的代码是R与python版本，是个极好的学习单细胞与python的资源 今天先来看看文献背景 文献情况： 标题：A molecular single-cell l...
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时空组学信号流与临床信息作者，追风少年i~~ 前段时间回家，几天没有更新，马上中秋节就要到了，希望跟我一样在外的游子多回家看看，缘分到了就早点成家吧，人生没有倒带，唯有前进才是真理。 这一篇文章继续...
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10X空间转录组数据分析之细胞类型与生物学通路的空间依赖性作者，追风少年i 新的一周，新的开始，接上一篇，10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性[https://www.jianshu.com/p/1877c6688948]，这...
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单细胞个性化分析之轨迹分析篇作者，追风少年i 随着单细胞测序技术的飞速发展和相应分析工具的大量出现，单细胞测序的应用逐渐走向成熟，能解决的生物学问题也越来越广泛。而其中，轨迹分析（拟时分析）是单细胞分析...
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MISTy：空间转录组细胞互作分析方法1. 简介 MISTy主要有四个功能： 算法：Multi-view framework to dissect effects related to CCI (剖析与细胞-细胞...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet多条件差异通讯作者，追风少年i 周三了，好好学习，天天搬砖，人生没有倒带，前进才是真理 接上一篇，10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析[http...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析作者，追风少年i 系统总结nichenet多条件通讯差异分析 nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet[http://...
