1 介绍 该包提供了一套全面的工具，可以实现R与python的相互切换： 从R以多种方式调用Python，包括R Markdown，获取Python脚本，导入Python模块...
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使用reticulate在R中调用python -
CytoTRACE——拟时轨迹分析
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预测细胞的相对分化状态。Cyto...
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Monocle3个性化分析作图：拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析Mnocle3往期精彩内容，因为monocle2有问题，且官网也放弃了monocle2，目前用的比较主流的拟时方法就是monocle3了。Mnocle3我们也写过全面的内容，...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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专治疗懒病：GO、KEGG富集分析一体函数
之前我们写过GO、KEGG的富集分析，,演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统，将...
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单细胞marker基因展示值等高线密度图之前一个图的做法，是一篇《cell reports》上的文章，展示marker基因的表达的时候，添加上了等高线密度图，（参考：单细胞marker基因可视化的补充---密度图与...
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R语言技巧每日分享day13
stringr 包是 R 语言中常用的字符串处理包，提供了一系列函数用于对字符串进行操作，如字符串拼接、替换、截取等。下面是 stringr 包中常用的几个函数及其语法介绍，...
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Sincast代码实操（一）：鉴定髓系细胞群分化谱系前言 Immugent在之前的一篇推文：Sincast：利用bulk RNAseq定义单细胞群[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4Mj...
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单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列 今天的目标就是: 将第一列barcode plot到umap上 将第二列clonotype id...
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植物空间转录组分析2：STEEL+Seurat植物空间转录组分析1：Seurat基本流程 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/4d8b865a8bf7] 植物空间转录...
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肿瘤纯度计算（InfiniumPurify基于甲基化）概念来源 肿瘤纯度（tumor purity）指的是样本中肿瘤细胞占所有细胞的比例。原始文献Systematic pan-cancer analysis of tumour ...
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6+cell子刊发表基因集泛癌纯生信，基因集泛癌生信大有可为！
影响因子：6.17 关于基因集泛癌分析的文章，我们最近也解读过很多 目前我们有一些基因集/通路的预分析结果，可以进行深入分析，也可以提供你感兴趣的基因集，我们来做分析。 研究...
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【陪你学·R语言绘图】学术图表介绍本想着写一篇介绍论文中各种类型图表的推送，但是着笔介绍时又觉得不如一起绘图吧！各类学术图表都万变不离其宗，以图的形式将处理后的数据展示出来（主要指的是数据展示图，还有实验拍摄...
