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2023-03-25启动子研究方法高质量总结01 启动子的基本类型 启动子是基因的重要组成部分，其主要功能为调控基因表达（转录）的起始时间和表达程度。但启动子本身并不控制基因活动，而是通过与转录因子的结合来控制基因活动...
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基因结构注释基因结构注释的方法包括： 从头预测根据基因结构的特征，基于算法（大多为隐马尔可夫模型）进行预测 蛋白注释根据物种自身（或近源物种）的蛋白序列，进行注释 EST 注释根据物种自...
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跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析：植物线粒体基因组组装流程GSAT初步尝试论文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq简介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
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最近不常登陆简书，若评论问题没有及时回复，可以发邮件交流 bioinfortime@163.com
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昆虫学博士，分享实验Protocol、生物信息、科研绘图、中国传统术数学等。
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hifiasm软件安装与使用
HiFi测序以及hifiasm软件的使用，目前是市场上二倍体动植物基因组组装的最佳选择，没有之一，多倍体目前也是最佳选择,也正因为HiFi跟hifiasm软件，使得动植物基因...
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基因组学（课程笔记）-- 基因型与表型关联分析基因型和表型概念 基因型（Genotype）：指某一生物体全部基因信息的总称，反映生物体的遗传构成，遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型 表型（Phenotype...
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LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
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NGS分析手把手教学：零基础RNA-seq转录组分析实践，两套方案(2023年最新）⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。 NGS分析手把手教学系列继WGS全基因组分析[https://www.jianshu.com/p/04cacc...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全称weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，...
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使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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RPM(CPM)/RPKM/FPKM/TPMRPM/RPKM/FPKM/TPM是我们在定义表达量时常用的几种计算方式，那么究竟有什么区别呢？ RPM/CPM RPM/CPM: Reads/Counts of exon ...
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孟德尔随机化法（Mendelian randomization method）写在前面：知识真是越看越多，聪明的人类总能想出各种办法来寻找这世界万物中的各种联系。文献中读到Mendelian randomization method and a Men...
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2022.06.25 | 转录组分析(一)--hisat2+featurecounts（也就是在服务器中的操作）
1 ###文件下载 2 ## 循环把下载的所有sra文件都变为fastq(双端测序数据) 3 ### fastp质量控制 4 ###参考基因组下载及建索引（如已有，忽略此步）...
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基因表达分析（前传）-准备count矩阵
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。 Salmon...
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【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（五）为什么没有（四）？（四）主要说的就是SAM格式，网上一搜就有，就没必要了（五）就草草地记录了Chapter 4.1: RNA-Seq Applications - Chapt...
