交叉验证 犀利的开头 在机器学习中，我们用训练数据集去训练(学习)一个model(模型)，通常的做法是定义一个Loss function（误差函数），通过将这个Loss(或者...
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交叉验证，K折交叉验证的偏差和方差分析 -
免疫细胞注释-1：T细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）--Gistic 2.0在线分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析讲了如何整理好Copy Number Segment 数据，这次我们使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
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复现《Cell》文章图表：气泡热图展示基因表达+分组添加今天我们来复现一下一篇《cell》文章中的图标，图如下： （Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeut...
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GeneCard数据库当你在研究一个基因时，你应该首先应该知道这个基因的研究的进展，如该基因是否是个与癌症相关基因，它在各种细胞系或者组织中的表达，它的产物能与哪些蛋白质相互作用，参与了哪些细胞通...
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趋化因子Chemokines家族趋化因子是一类小分子分泌性蛋白(约8-10 kDa)，其与七次跨膜G 蛋白偶联受体结合，在稳态和炎症状态下指导细胞迁移。表达趋化因子受体的细胞向趋化因子高浓度的区域迁移。 尽...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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如何使用R语言找出某一个通路的所有基因名字
上周为了督促自己有效的学习，立下了每周至少更一篇生信学习笔记的flag。 本打算从这周开始先写一系列的生信基础概念知识，没想到很快就接到了大佬Jimmy老师的一个小任务：如何...
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使用oncoPrint绘制瀑布图杀杀生信分析中，我们在全基因组测序后会获得分子突变谱信息，如何直观地将各种疾病分子亚型下的基因突变特征，以及分子共突变/互斥突变的特征展示出来呢？ 我们可以使用R语言中一个非...
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R-ggplot2-瀑布图包安装使用太复杂，本文给出ggplot2版解决方案目录 0.问题导入 1.ggplot2精仿版瀑布图预览 2.示例数据生成 3.绘制主图1 4.绘制主图2 5.主图1-2 图例提取 6.绘制瀑布图 7.本文总结 8.本篇所用...
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差异共表达网络-Co-expression networks写在前面，这篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...
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差异分析完的基因列表，可以这样画KEGG通路差异分析完以后，就有了基因列表和差异倍数，有了这两个东西，就可以用clusterprofiler做GSEA，然后有了pathview包的话，就可以可视化KEGG通路 怎么做G...
