小提琴图 (Violin Plot)是用来展示多组数据的分布状态以及概率密度,是优于箱线图的一种统计图形。他结合了箱线图与密度图,箱线图位于小提琴图内部,两侧是数据的密度图,...
小提琴图 (Violin Plot)是用来展示多组数据的分布状态以及概率密度,是优于箱线图的一种统计图形。他结合了箱线图与密度图,箱线图位于小提琴图内部,两侧是数据的密度图,...
有适用于nanopore测序的切接头软件吗
Nanopore测序及数据处理一、工作原理 新型纳米孔测序法(nanopore sequencing);采用电泳技术。 Nanopore测序当中的核心部件是这个由蛋白质构成的纳米级的小孔,我...
一、工作原理 新型纳米孔测序法(nanopore sequencing);采用电泳技术。 Nanopore测序当中的核心部件是这个由蛋白质构成的纳米级的小孔,我...
有适用于nanopore测序的切接头工具吗
三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤对于二代测序,可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图,多样本时可进一步结合使...
对于二代测序,可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图,多样本时可进一步结合使...
本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据.比如一些基本模块;检查序列质量,核酸组分偏性,PCR偏性,G...
BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息 BED文件每行至少包括chrom,chromStart,chromEnd...
Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段(短读 short reads)“覆盖”的强度有多大? 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
1.什么是k-mer? k-mer:在生物信息学中,k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。 比如序列:GTAGAGCTGT,根据k值不同,可得到以下k-mer。 ...
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识,于是从github上找到了一份不错的教程,借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
该教程分为2部分,第2部分在:miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miRNA-预测新miRNA,到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
fastp是一个速度非常快的测序数据质控软件,以下为软件参数的说明,根据github内容整理。 github: https://github.com/OpenGene/fas...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
trimmomatic是一款用来处理illumina测序数据的工具,可以是单条的single reads,也可以是成对的pairend reads。支持压缩格式数据。功能和其...
该教程分为2部分,第1部分在:miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miRNA-预测新miRNA,到表达矩阵【一】 到此时,原始...