小提琴图 (Violin Plot)是用来展示多组数据的分布状态以及概率密度，是优于箱线图的一种统计图形。他结合了箱线图与密度图，箱线图位于小提琴图内部，两侧是数据的密度图，...
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[ggplot2]小提琴图经验总结 -
Nanopore测序及数据处理一、工作原理 新型纳米孔测序法（nanopore sequencing）；采用电泳技术。 Nanopore测序当中的核心部件是这个由蛋白质构成的纳米级的小孔，我...
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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤对于二代测序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使...
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高通量测序质控及可视化工具包RSeQC本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据.比如一些基本模块;检查序列质量,核酸组分偏性,PCR偏性,G...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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基因组组装----k-mer
1.什么是k-mer？ k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。 比如序列：GTAGAGCTGT,根据k值不同，可得到以下k-mer。 ...
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生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
