什么是RNA 速率（RNA velocity） RNA速率能够通过叠加剪接信息来推断细胞分化的方向性。 随着令人震惊的发现，未剪接和剪接的mRNA丰度可以在标准的单细prot...
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单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具 -
10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）作者，追风少年i hello，大家好，周二了，几天就要过完上半年了，不知道大家感觉如何了？？人生总是有很多磨难，想要的东西总是让我们得不到，所以我们会有时很羡慕别人，可能一辈...
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安装和运行DeepTE时报错的解决办法
DeepTE是一款非常实用的转座子分类工具，一般在跑完EDTA重复序列注释后可以运行一下DeepTE对unknown的转座子进行进一步分类。然而，我在安装这个软件时遇到了报错...
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Monocle2: plot_genes_branched_pseudotime()1. 普通plot plot_genes_branched_pseudotime(monocle2_object[c("LOC408449","LOC411104"), ],...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
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SCENIC: 结果解读1. GitHub https://github.com/aertslab/SCENIC[https://github.com/aertslab/SCENIC] 2. Pap...
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不同单细胞群之间的相关性分析单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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单细胞与空间联合分析-CARD简介-20220721今天上午听了作者讲解CARD，基于去卷积方法进行空间与单细胞联合分析的软件，可以做： 单细胞cluster与空间数据联合 没有单细胞ref的数据，输入一个maker list...
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细胞通讯-2单个数据集进行细胞间通讯分析单个数据集分析，多个数据集比较分析，具有较大成分差异的数据集比较分析。本教程是单个数据集分析流程 此教程概述了使用 CellChat 的单个数据集对细胞通信网络进行推断、分析...
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单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
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单细胞/空间组利用scanpy实现Seurat的splitby分页绘图在使用Seurat时，经常需要对不同分类的样本在同一画布上进行可视化，可以非常方便地通过其DimPlot()函数的goupyby和spliby等参数实现，例如对照组和实验组，...
