发简信
IP属地：北京
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小刘哥，农民、生信民工、程序员、理想主义者
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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把基因画在染色体上之前有一次，我导说“能不能把这些基因按顺序画在果蝇的染色体上”，因此，我寻找了一些实现这个需求的方法。经过一番奇奇怪怪的操作之后，最终用ggplot2画了。。。其它方法简单地...
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收录比较基因组学，进化基因组学，群体基因组学，分子进化，及相关领域的各类文章。特别地。由于是简书，建树的内容当然是必不可少了。 欢迎大家投稿
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GO, KEGG, GSEA, WGCNA, and so on...
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转录组Transcriptome 转录组学Transcriptomics 1.基因表达分析 Gene expression analysis 2.基因调控网络 Gene Regulation Network
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在线工具网站，生物分析的一些网站或者数据库之类的文章。🎻相关的文章会在收录时间上相近，请点击『最新收录』 🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡🎡 🕸 数据库，比如Ensembl、Phytome 🕸 癌症分析网站，比如GEPIA、cBioportal 🕸 系统发育树的美化，比如iTOL 🕸 基因注释，比如Metascape、KASS 🕸 蛋白质结构预测，比如pfam、SMART 🕸 在线绘制统计图，比如Venny 🕸 序列比对，比如blast 🕸 引物设计，比如primer3、primer-blast 🕸 文献下载，比如sci-hub，文献鸟 🕸 。。。
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一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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微信公众号：华大创享空间速报。关于基因、关于生物，你想知道的，希望都能在这里找到答案<br>
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健康乐土，福佑众生。
