生物信息学 - 专题

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生物信息学

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「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤...

2.4 付费 xuzhougeng 0 31 2
推荐一款好用的基因结构图在线绘制工具！
科研绘图是一项基本技能，之前为大家分享过一期我们组学大讲堂绘图工具合集：收藏贴-绘图工具教程合集-科研必需技能！共20类37种绘图方法，基本涵盖...

2.2 组学大讲堂 1 27

「代码记录」WGCNA篇
Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代码，实现了导出gene2module 目的最近有个项目又准备跑WGCNA，...

3.4 ShawnMagic 8 33
SNP在染色体上的密度分布图
有两种方法，先看比较简单的一种：结果：第二种方法就比较复杂了，需要准备两个文件：一个是包含染色体长度的文件chr_length.txt...

6.6 elaine0622 3 54
进化保守的基因区块-可视化挖掘
写在前面物种进化与基因进化，两者总是生物学研究的关注点之一。物种进化的基础，应是基因层面的演化。而基因进化的基础更多的来源于基因复制。常见的基...

0.7 生信石头 0 11 1
motifmatchr: 在R语言中分析peak中里是否有motif匹配
motifmatchr的作用就是分析众多的序列和众多的motifs, 从中找到哪个序列包含哪个motif. 它的核心函数就是matchMotif...

3.4 xuzhougeng 3 24
HMMRATAC检测ATAC数据的开放性
背景目前，已经衍生出多种用于检测染色质开放性的试验方法。比如， DNase-seq， FAIRE-seq和ATAC-seq，其中ATACA-s...

浩渺予怀 1 0

「BioNano系列」如何进行cmap之间的比对
BioNano以cmap格式存放光学图谱，为了评估基因组的组装质量或者了解光学图谱中冗余情况(高杂合基因组组装结果偏大)，我们就需要进行cmap...

1.3 xuzhougeng 0 6
使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工...

1.8 xuzhougeng 3 20
「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)
这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工...

2.7 xuzhougeng 2 19