写在前面
物种进化与基因进化，两者总是生物学研究的关注点之一。物种进化的基础，应是基因层面的演化。而基因进化的基础更多的来源于基因复制。常见的基因复制包括：
- 全基因组复制，WGD
- 大片段复制，Segmental Duplication
- 串联复制，Tandem Duplication
- 转座复制，Translocation Duplication
- ....
无论是开展大规模的数据分析，或者是常见的某个物种新基因，基因新功能，更或者性状的可能获得原因分析，如果可以从物种演化的角度来探讨相应基因的来源，那么可以使研究有多方面的提升：
- 证据更为可靠
- 故事更为完整：只对当前数据分析，我们只能知道是什么？更或者为什么？但是有时候我们可能还想知道去哪里，更或者更常见的，从哪里来？
近期，课题组的师弟在做一些类似的分析。大体他做了这么一张图
我大概知道这个图可能来源于比较基因组大牛唐海宝老师的JCVI工具集。喊师弟调整这个图的一些部分时，我顺便问了一句，
后面我就没怎么管这个事情了。不过过了20多小时之后，发现这个问题调整的解决速度可能是个问题。昨晚吃完晚饭，我掐指一算，一周没写代码....要退化了。于是我原本是计划用最多两个小时的时间写完的，没想到从18点写到22点....
不过我还是得到了一个新的工具，对于这个功能，我加入了自己的思考 [纯粹的功能复制对我来说，似乎没有什么吸引力，也没必要]：
- 灵活地按照用户的需求，可以是输入一个区间【比如我主要做小RNA的，不会有编码基因】，也可以是输入区间的起始编码基因和终止编码基因
- 自动层级化解析可能的基因区块，并可视化，这个一种树状图展开，第一个物种是一个区间，第二个物种可能是N个区间，第三个物种则可能是M个区间（取决于第二个物种对上多少个第三个物种的区间啊）
- 可以不依赖于共线性分析，是的，如果区间依赖于共线性分析，那么必要受到使用算法的限制。很多时候，算法总是存在局限的。当然，共线性分析结果可以让你在最短的时间定为到可能的结果。
- .... 可交互，对于我来说，不可交互的图形更适合展示而不适合分析。可交互的图形意味着可快速调整并直接分析。
- ....
基于这些考虑，得到了下面这个新的功能
Evolutionary Conserved Blocks Finder
具体的使用与输入：
- 代表第一个物种某个区间的文本，如：Chr1#2142423#4345533，或 ATG01G1231#ATG01G2231
- 不同物种简化后的基因信息文件，格式为：Chr1\tGeneID\tStartPos\tEndPos\t[+-]，即包括了基因所在位置和链的信息，注意，需要有意识地按照先后顺序摆放物种的基因位置信息
- 基因对信息，格式为：GeneID\tGeneID
使用注意：不同物种的染色体ID和基因ID都不能出现重复【建议对所有ID加上物种名】。
具体的使用方法如上图，可以看到，不仅仅是一个可视化工具，还是一个可视化实时分析工具：
- 自动寻路
- 随意调整基因区块
- 基因区块反向
- 鼠标悬停展示基因ID
- 其实可以直接右键删除一些不感兴趣的Panel
6....
写在后面
Emmm.... 正在考虑整理TBtools，然后尽快发表好了...不然似乎就要浪费300个Citations了？欢迎各位在评论区留下可能可以用于文章撰写的方向，比如...TBtools到底有啥亮点？值得去发表。
