Linux环境下的Miniconda的安装及使用
1. Minoconda简介
Conda是一个包,依赖和环境管理工具,适用于多种语言,如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN等,Conda包括Conda、Miniconda和Anaconda,这里我们选择学习miniconda。
2. Miniconda下载
2.1 1.查询linux 版本为 x86_64
2.1.2 利用wget命令下载Miniconda
Miniconda下载链接为:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
3. Miniconda安装及添加镜像
3.1 用bash命令安装Miniconda
3.2 激活Miniconda:source ~/.bashrc
4. Miniconda使用
4.1 查看当前所有软件列表: conda list
4.2 搜索软件:conda search
4.3 安装软件:conda install
练习conda install fastqc -y(自动安装最新版)
4.4 卸载软件 conda remove
练习:conda remove fastqc -y
5. 定制“分身”
5.1 查看当前conda环境:conda info --envs
5.2 以转录组数据,建立一个RNA-seq的conda环境
并指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic