学习大纲
- 了解conda
- 给服务器下载conda/miniconda
- 安装和配置miniconda
- 使用miniconda
- 定制conda的分身
一、conda介绍
=App store=软件管理
- conda (大Boss)
- anaconda (总管）= miniconda+150 high quality packages
- miniconda (区域经理）=conda+python+base packages
二、下载miniconda
(1) google "miniconda 清华"
(2) 进入网页，有anaconda还有miniconda
(3) 查看自己服务器多少位：uname -a
(4) 安装python3.6对应的版本
(5) 右键复制下载链接
(6) 登陆服务器，进入目录: cd ~/biosoft
(7) wget 链接
三、安装和配置miniconda
- bash Miniconda3-latest-Linux-x85_64.sh （bash=安装 .sh 是文件）
- 一系列Enter and yes
- 激活：source ~/.bashrc
- 添加镜像：复制-粘贴-回车
使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
四、使用conda
- 查看当前所有软件列表：conda list
- 搜索软件： conda search fastqc（以fastqc这个数据质控软件为例）
- 安装软件： conda install fastqc -y (-y 是自动安装)
- 卸载软件： conda remove fastqc -y
五、延申内容-conda 分身
conda environment：按照不同项目制定不同分身，安装不同软件，互不干扰
*代表默认
- 查看当前conda 有哪些环境：conda infor --envs
- 建立一个名叫”rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 查看创建完的conda环境： conda info --envs
但此时默认还是base - 激活新的conda环境：conda activate rna-seq
默认的*就会转移到rna-seq前面
六、conda卸载
- rm -rf~/miniconda3
- 环境变量中去掉conda, vi~/bash_profile 删除conda路径，退出保存。
- 删除隐藏的.condarc.conda.continuum 文件
