注:不同类型数据上传不同数据库,此处微生物多样性的上传SRA。测序报告书上有。
https://mp.weixin.qq.com/s/CUGkuaNnAZZ3W5IpPyaS-A
具体步骤看上边链接
以下是弯路和细节补充:
官网NCBI,注册,注册完一定要去邮箱信息激活!!
页面点击My submission,下拉可以看到SRA三个字,点进去。new submission.
接下来分为8个步骤。
第一步就是信息注册。
第二步你已经有bioproject和biosample了吗,我没有,选择NO。释放时间随意。后来可以再data management中查看
第三步描述一下,类似于论文题目摘要,简短点。
第四步类型:此处选择metagenome and environmental sample
第五步,容易报错。样本名字自己起,加一列ID 123456……!!! 其他的按照上边链接填写 ,蓝色黄色都至少填一个例如soil metagenome等
第六步按照上边链接填写。我第一次没按照上边填写,报错了。双端,filenme filename2填上。我的Nts1.1 .fq 另一端Nts1.2.fq。原始数据raw.split.fq要按照这个重新命名。双端后缀.1. .2.区分一下
上传数据,我是用的傻瓜上传。就是网页上点击下载了Aspera软件,然后,点击上传,所有数据一起shift一起选中上传了。我的总共4g,上传用了1小时。
补充:之后上传了宏基因组数据,数据大,使用Aspera指令上传
安装好,找到安装位置,一般是loca之类的,然后把文件名Aspera connect中间的空格去掉。
好了,下一步利用cmd命令
可能用到的文章链接
https://blog.csdn.net/qq_40905198/article/details/101909201
cd C:\Users\18195\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect \bin
ascp -i C:\Users\18195\Downloads\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d C:\files\ subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wangqian184_mails.ucas.ac.cn_sjSF4t59
注意1 点击key file,下载aspera文件
注意2 指令看他们界面给的,每次不一样