高通量数据上传SRA - 草稿 - 草稿

注:不同类型数据上传不同数据库,此处微生物多样性的上传SRA。测序报告书上有。

https://mp.weixin.qq.com/s/CUGkuaNnAZZ3W5IpPyaS-A

具体步骤看上边链接

以下是弯路和细节补充:

官网NCBI,注册,注册完一定要去邮箱信息激活!!

页面点击My submission,下拉可以看到SRA三个字,点进去。new  submission.

接下来分为8个步骤。

第一步就是信息注册。

第二步你已经有bioproject和biosample了吗,我没有,选择NO。释放时间随意。后来可以再data  management中查看

第三步描述一下,类似于论文题目摘要,简短点。

第四步类型:此处选择metagenome  and environmental  sample

第五步,容易报错。样本名字自己起,加一列ID  123456……!!! 其他的按照上边链接填写 ,蓝色黄色都至少填一个例如soil metagenome等

第六步按照上边链接填写。我第一次没按照上边填写,报错了。双端,filenme  filename2填上。我的Nts1.1 .fq  另一端Nts1.2.fq。原始数据raw.split.fq要按照这个重新命名。双端后缀.1.  .2.区分一下

上传数据,我是用的傻瓜上传。就是网页上点击下载了Aspera软件,然后,点击上传,所有数据一起shift一起选中上传了。我的总共4g,上传用了1小时。

补充:之后上传了宏基因组数据,数据大,使用Aspera指令上传

安装好,找到安装位置,一般是loca之类的,然后把文件名Aspera connect中间的空格去掉。

好了,下一步利用cmd命令

可能用到的文章链接

https://blog.csdn.net/qq_40905198/article/details/101909201

cd C:\Users\18195\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect \bin

ascp -i C:\Users\18195\Downloads\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d C:\files\ subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wangqian184_mails.ucas.ac.cn_sjSF4t59 

注意1 点击key file,下载aspera文件


注意2 指令看他们界面给的,每次不一样


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