很多时候,我们需要寻找或者筛选某条序列中存在的重复片段,同时我们事先也不知道有哪些重复片段,以及它们的长度。
相比与其他软件,我更喜欢BioAider里的这个简洁的寻找重复片段的功能。
进入界面:
第一步:输入一条或者多条fasta格式的序列,核苷酸或氨基酸序列均可;
第二步:设置预筛选的重复片段的长度范围,最小长度和最大长度;
第三步:拖入一个用于输出的文件夹,或者粘贴一个文件夹的路径到输入框;
第四步:点击运行。
上述的参数筛选结果:
一条800多bp的氨基酸序列,大约6秒钟就跑完了。
Nice!
BioAider官网下载地址:https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases/tag/1.314
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