RAxML最新的帮助手册下载网址：
https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclkid=5839f37ecd3311ecb803b0da71760484
教程网站：
https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html
RAxML的安装参考上面的教程，或者使用conda安装：
conda install -c bioconda raxml
要查看是否成功安装上：
which raxmlHPC
常用命令：
raxmlHPC -PTHREADS-AVX2 -f a -x 123456 -p 123456 -q .txt -s .fasta -m GTRGAMMA -N 1000 -n output -k
raxmlHPC -h
#查看帮助命令
-f a
# it allows you to select what kind of aglorithm RAxML shall execute.此参数用于选择RAxML运算的算法，a表示执行快速Bootstrap分析并搜索最佳得分的ML树
-x 12345
# rapidBootstrap random number seed 指定一个int数作为随机种子，以启用快速Bootstrap算法
-p 12345
#指定一个随机数作为parsimony inferences 的种子
-# 1000 或 -N 1000
#number of runs 指定bootstrap的次数
-m GTRGAMMA
#substitutionmodel 指定核苷酸替代模型，PORT表示氨基酸替代模型，GTR表示碱基替代模型， GAMMA表示使用GAMMA模型
-s input.phy
#sequencefile name指定输入文件，.phy格式的多序列比对文件。也可以用.fasta文件，软件包中包含一个程序来将fasta格式转换为.phy格式
-n
#outputfile name 输出文件
-T 30
#指定多线程运行的CPUs
-q
#multiplemodelparafile指定partitionfinder文件
-k
# specifies that bootstrapped trees should be printed with branch length.default:OFF
结果文件：
RAxML_bipartitions.ex
