软件下载，安装
软件网页：
The Exelixis Lab (h-its.org)raxml
软件使用手册：PDF
```
wget -c https://github.91chi.fun/https://github.com//stamatak/standard-RAxML/archive/refs/tags/v8.2.12.tar.gz
tar zxvf v8.2.12.tar.gz
Sequential version:
"make -f Makefile.gcc"
"rm *.o"
or
"make -f Makefile.SSE3.gcc"
"rm *.o"
or
"make -f Makefile.AVX.gcc"
"rm *.o"
Pthreads version:
"make -f Makefile.PTHREADS.gcc"
"rm *.o"
or
"make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc"
"rm *.o"
or
"make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc"
"rm *.o"
Coarse-grain MPI version:
type:
"make -f Makefile.MPI.gcc"
"rm *.o"
or
"make -f Makefile.SSE3.MPI.gcc"
"rm *.o"
or
"make -f Makefile.AVX.MPI.gcc"
"rm *.o"
```
Windows用户可以下载编译好的exe文件，无需安装。
软件使用：
```
raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST
```
-x 用快速方法进行Bootstrap
-p 设定随机数
-# Bootstrap 100次
-m GTRGAMMA模型
-o out1 为外类群，若有多个外内群，则用英文逗号分隔。
-s 输入比对的phy文件
-n 输出的文件后缀名
-q 设定的基因的各位点分隔位置
-f d rapid hill-climbing algorithm
