元兴三年，（公元404年）春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，刘乔之曾孙也。刘乔字仲彦，南阳人也。其先汉宗室，封安众侯，传袭历三代。西晋时任都督豫州诸军事、镇东将军、豫州刺史。卒于官，时年六十三。晋愍帝末年，追赠其为司空。

桓玄以其祖桓彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广劝道：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”桓玄道：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之对徐广道：“若宗庙之祭果不及祖，有此以知楚德之不长矣。”

徐广，徐邈之弟也。徐邈曾以文学优长见宠于孝武帝，任中书郎。

桓玄登基，桓修入朝觐见新皇，刘裕从之，入得殿来，刘裕三呼万岁，桓玄将他上下仔细打量一番，冷冷道：“卿为北府宿将，牢之一向待你不薄，引为腹心，奈何一朝弃之？”

刘裕再拜道：“牢之不知顺逆，一身三反，裕苦劝不从，因此自行离去以避祸。本欲归老林泉，幸得抚军（指桓修）提拔，任为中兵参军，乃为国效力。”

桓玄又道：“卿为晋臣，晋祚移楚，奈何不守节尽忠？”

刘裕再磕一头，道：“识时务者为俊杰，通机变者为英豪，自孝武以降，晋德已衰，道子父子，窃弄权秉，朝野生怨，内有孙恩之乱，外有胡虏交攻，江山有倾覆之危，士民有飘零之叹。幸得陛下顺天应人，革故鼎新，重光山河，万方来朝，裕何惜此躯，敢不效命。”

桓玄闻言大悦，重赏刘裕，又封桓修为抚军大将军，安成王，镇京口，统领北府。

次日桓玄对司徒王谧道：“卿所言非虚，朕观刘裕此人，风骨不凡，盖人杰也。”

王謐笑道：“此乃陛下之明，国家之福。”

于是每次宴会，桓玄皆对刘裕引接殷勤，赠赐甚厚。

其妻刘氏有次在宴会上见过刘裕后，便对桓玄道：“刘裕龙行虎步，顾盼自雄，恐不为人下，宜早除之。”

桓玄不以为然道：“朕方欲荡平中原，非刘裕等将莫可付以大事。关陇平定，然后当别议之耳。”不听其言。

桓玄为安抚刘裕，激励众将，乃下诏道：“刘裕以寡制众，屡摧妖锋，泛海穷追，十歼其八。诸将力战，多被重创。自元帅以下至于将士，并宜论赏，以叙勋烈。” 刘裕上表谢恩，并将所得赏赐均分给手下将士，众将士感激不尽。

桓玄自即位以来，不知何故，心常不自安。二月初一夜，长江突发大水，洪水灌入石头城，淹死民众甚多，哭喊叫骂之声震天。桓玄在宫中闻之，大惧，自言自语道：“奴辈作乱矣！”

武陵王司马遵，字茂远。晋孝武帝司马曜从兄。其父司马晞因晓畅军事，故受大司马桓温所忌，咸安元年(371年)桓温诬其谋反，晋简文帝逼于无奈，为息事宁人，将其废庶人，流放到新安郡，未几司马晞郁郁而终。故司马遵恨桓氏入骨。

右将军桓伊有次前去拜访司马遵，司马遵痛斥门人：“尔何敢为桓氏通报？”左右解释道：“桓伊与桓温乃是疏远宗亲，其特来致意，相见无妨。”

司马遵恨恨道：“我闻人姓木边，便欲杀之，况诸桓乎!”遂不见。

司马遵少称聪慧，桓温死后，孝武帝追复司马晞武陵王爵位，以司马遵继承其爵，备受孝武恩宠，历任散骑常侍、秘书监、太常、中领军。及桓玄篡晋，知司马遵为己世仇，故贬其为彭泽侯，遣其去国就藩。司马遵船停泊石头城下，恰逢洪水灌城，将船冲破，乃逗留京师，未得出发。

桓玄即位后，令全国改简为纸。自东汉蔡伦改进造纸术以来，纸张虽然不断推广使用，但国家政令仍用简牍。桓玄下诏曰：“古无纸，故用简，非主于敬也。今诸用简者，皆以黄纸代之。”从此以后，朝野内外悉用纸张，教化育人，儒风大盛，亦是桓玄之功。桓玄性情苛细，好自矜伐。主者奏事，或一字不体，或片辞之谬，必加纠错，以示聪明。有次尚书答诏误书“春蒐sōu（帝王春季狩猎）为“春菟（tu一种植物）”，自左丞王纳之以下，凡所关署，皆被降黜。

桓玄有小智，不思大节，无帝王之道，有事或手诏直官，或自用令史，诏令纷纭，有司奉答不暇，而纪纲不治，奏案停积，不能知也。桓玄又性好游猎，或一日数出，众臣不知其所往，朝政大乱，百姓苦之。

桓玄又大兴土木，更缮宫室，督迫严促，朝野骚然，思乱者众。桓玄遣使加益州刺史毛璩散骑常侍、左将军。毛璩愤然道：“桓玄乱臣贼子，我不受乱命。”乃将来使扣留。

毛璩（qu），东晋名将毛宝之孙，曾任谢安卫将军府参军，参与淝水之战，追击苻坚大军，造成秦军风声鹤唳。

桓玄遂以桓希为梁州刺史，分命诸将戍三巴以备之。毛璩传檄远近，列玄罪状，遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破桓希军，仍率众进屯白帝。

桓玄以桓弘为青州刺史，镇广陵；刁逵为豫州刺史，镇历阳。桓修仍镇京口。桓弘，桓修之弟；刁逵，刁彝之子也。刘裕随桓修入朝参拜桓玄已毕，诈称腿疾复发，不能骑马，乃乘舟还京口，桓修不疑有他，令其自便。刘裕遂雇一小舟，解缆东去。小舟甫一离开建康，船舱外进来一人，却是艄公打扮，刘裕哈哈一笑道：“我已待君多时。”那人也哈哈大笑道：“君自做得好戏。”原来正是何无忌。

何无忌道：“桓楚不过数月，已是天怒人怨，内有人心思晋，外有毛璩虎视，焉能不亡，君可起兵矣。”

刘裕点点头道：“得道多助，失道寡助，你我可再多联络北府旧人，约定日期，相机起兵。”

何无忌深以为然，同舟回到京口，分头联络旧人。

时刘迈弟刘毅值母丧，居于京口家中，何无忌素与其相善，二人在内室相谈，无忌单刀直入道：“桓玄篡晋，我欲匡扶王室，再造河山，奈何桓氏强盛，其可图乎？”

刘毅看了他一眼，并无惊慌道：“天下自有强弱转化之机，苟为失道，虽强易弱，若为正道，虽弱可强，正虑主事之人难得耳。”

何无忌笑问：“天下之大，非无英雄？”

刘毅缓缓道：“据我平生所见，天下英雄唯有刘下邳（指刘裕，时任下邳太守）耳。”

何无忌哈哈大笑，道：“英雄所见略同。”遂把与刘裕议定之事相告，刘毅大喜，遂与定谋。

孟昶，字彦达,平昌人（今山东临邑县，也有浙江遂昌县之说）。其父孟馥,曾任中护军，其家为南渡世族。孟昶做事严谨，志向远大，曾为王恭所推崇，时任桓弘属下青州刺史主簿，桓弘有次使其至建康办事，桓玄接见他，一谈之下，大悦，认为其有大才，大有相见恨晚之憾，准备任其为尚书郎之职，便对其参军刘迈道：“朕于素士中得一尚书郎，卿与其同一州里，宁相识否？”

刘迈素与孟昶不相友善，便对答道：“臣在京口，不闻孟昶有何异能，唯闻其父子间纷纷更相赠诗耳。”

桓玄大笑道：“宁有此事乎？”遂不任孟昶。孟昶闻之后，深恨桓玄，既还京口，刘裕于其为旧识，孟昶过府探望，谈话之间，孟昶咬牙切齿道：“桓玄暴虐，恨不能有英雄出世，翦除此贼，光复晋室，昶一力从之。”

刘裕意味深长的看了他一眼道：“草莽间当有英雄崛起，彦达竟不闻乎？”

孟昶立刻会意，笑道：“今日英雄有谁，正当是君耳！”

两人遂击掌为盟。

诸葛长民，琅邪阳都人(今山东省沂南县）。与蜀汉诸葛亮为同族。其人有文武才干，然行为不检点，无乡曲之誉。桓玄曾引其为参军平西军事，不久其以贪污苛刻而被免职，后转任豫州刺史刁逵参军。

刘裕于其有旧，有日登门拜访诸葛长民，闲谈数句后，刘裕故意激其道：“以兄之才，十倍胜刁逵，恐不安其下？”

诸葛长民无奈道：“刁逵乃京口之蠹，谁人不知，霸陵地方，君亦受其辱，我为稻粱谋，不得不为之。”

刘裕紧接着又道：“君为其下，才高胜主，意甚怏怏，我为君忧，恐祸不远矣。”

诸葛长民惊道：“德舆教我脱身之道？”

刘裕紧盯着他道：“桓玄篡晋，神人共怒，我愿起义，匡扶王室，君愿从之乎？”

诸葛长民激动的站了起来道：“愿随君共举义旗。”

刘裕大喜道：“好。苟富贵，不相忘。”