论文
The flying spider-monkey tree fern genome provides insights into fern evolution and arborescence
https://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44
数据下载链接
https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641
今天的推文重复一下论文中的Figure1d中左下角的小图
image.png
论文中提供的原始数据集如下
image.png
需要将其整理成3个单独的数据集
image.png
首先是做数据整理的代码
library(readxl)
library(ggplot2)
library(tidyverse)
dat01<-read_excel("data/20220518/dat01.xlsx")
dat01
dat01 %>%
mutate(x=8:2,
mean_value=`Duplication Per`,
lower95=`Duplication Per`,
upper95=`Duplication Per`,
group="Experimental") %>%
select(x,mean_value,lower95,upper95,group)-> dat01
dat02<-read_excel("data/20220518/dat02.xlsx")
head(dat02)
dat02 %>%
group_by(MRCA) %>%
summarise(mean_value = mean(`Duplication Per`),
lower95 = Rmisc::CI(`Duplication Per`)[3],
upper95 = Rmisc::CI(`Duplication Per`)[1]) %>%
mutate(x=8:2,
group="Null simulation") %>%
select(x,mean_value,lower95,upper95,group) -> dat02
dat03<-read_excel("data/20220518/dat03.xlsx")
head(dat03)
dat03 %>%
group_by(MRCA) %>%
summarise(mean_value = mean(`Duplication Per`),
lower95 = Rmisc::CI(`Duplication Per`)[3],
upper95 = Rmisc::CI(`Duplication Per`)[1]) %>%
mutate(x=8:2,
group="Positive simulation") %>%
select(x,mean_value,lower95,upper95,group) -> dat03
dat<-bind_rows(dat01,dat02,dat03)
dat %>%
mutate(group=fct_rev(group)) -> dat
作图代码
ggplot(data = dat,aes(x=x,y=mean_value))+
geom_line(aes(color=group),size=1.5)+
geom_ribbon(aes(ymin=lower95-1,ymax=upper95+1,
fill=group),
alpha=0.5,
show.legend = FALSE)+
theme_minimal()+
theme(panel.grid = element_blank(),
axis.line = element_line(),
axis.ticks = element_line(),
legend.title = element_blank())+
scale_x_continuous(breaks = 2:8,
labels = paste0("N",8:2))+
scale_y_continuous(breaks = c(0,25))+
labs(x="Subtree node",y="Percent subtree")
最终结果
image.png
这里最终的结果和论文中的图还是有些差异的，因为我没有看到论文中用的是置信区间作为数据范围还是其他，我这里选择的是置信区间，然后对数值进行了加减1
示例数据可以到论文中去下载，代码可以在推文中复制
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