哪些样本可以做测序呢?样本RNA如何提取准备呢?

一、血液样本RNA提取准备


外周血一直被认为是容易获取,侵害性较小的测序样本。且血液样本处理及保存方法简便、成本低且富含可利用成分(如血清、血浆、白细胞和红细胞等)和生物分子(DNA、RNA、蛋白质和代谢产物)。在许多生物样本库中,是进行多个项目分析的理想实验材料。然而,RNA极易降解,许多因素如内源性和外源性的核糖核酸酶(RNase)。必须注意样本收集、稳定、保存和运输、分离纯化操作过程的各个环节,从根本上确保获得高质量的血液RNA

血液RNA收集、稳定、保存和运输、分离纯化流程步骤

目前血液RNA提取样本制备常见的方法有2种,PAXgene RNA tube法 TRIzol法,接下来会为大家一一详细介绍。

1、PAXgene RNA tube法血液样本准备

PAXgene采血管(PAXgene blood RNA tube)经常被用于PAXgene法中收集和稳定血液RNA,内含能够稳定体内基因转录性状的抗凝剂。目前已有研究表明PAXgene采血管保存全血可以保护RNA免于降解,具有长期稳定性。

采血后应立即将PAXgene采血管轻轻地颠倒8-10次,可确保管内保护剂和血液充分混合均匀。

PAXgene采血管真身就是这个样子滴

(我们平时去医院抽血应该都见到过)

2、TRIzol法血液RNA样本准备

推荐使用Paxgen Blood RNA tube(全血RNA管)。采血管中添加了保护试剂,使细胞内的RNA不被降解。在18~25℃可以保存3天,2~8℃可以保存5天,在-20℃或-70℃条件下至少稳定50个月,总量≥ 2.5ml,-80°C保存,干冰运输。

3、血清样本RNA提取准备

分离血清血浆应严格按照操作说明进行,操作需在1h内完成,避免出现溶血现象,血清血浆分离后避免反复冻融。(推荐抗凝剂:EDTA、柠檬酸钠。)

二、组织样本RNA提取准备

1、有液氮的条件下

组织样品在离体后,快速用Rnase-free配制的生理盐水或PBS清洗样本表面污渍,吸干表面液体后迅速将样本分割成约100mg(绿豆大小),约10小块左右,将样本放入已标记好名称且预冷好的Rnase-free的螺纹管中(不要将盖子拧死,以免从液氮中取出时破裂),组织离体后应在5min内用液氮浸没,让其迅速降温,彻底冷冻后转移至-80℃,避免反复冻融,确保迅速投入液氮中速冻>=1h,然后取出置于-80℃保存,干冰运输。

2、无液氮的条件下

提前准备好RNase-free的1.5mL的EP管,向其中加入1mL的RNAlater。组织样品离体后,快速用RNase-free生理盐水/PBS清洗样本表面的污渍,并吸干表面的液体,迅速的将样本分割后投入提前准备好的1.5mL的EP管中,使样本完全浸没在液体中,采样的容器应该足够大,避免组织块挤在一起,为避免组织块在运输的过程中露出液面,应将RNAlater灌满容器,将样本置于 4°C保存过夜(以使RNAlater完全渗透组织),然后转移至-80°C长期保存。

三、体液、粪便样本RNA提取准备

收集 5- 10ml 新鲜尿液、胆汁、粪便或者腹腔引流液;

置于 4°C 或冰盒中正立放置之后转移至 15- 50ml 锥形底的离心管中;

4°C ,1000 rpm ,离心10 min(去除细胞及碎片);

小心转移上清到新的 15- 50ml 锥形底的离心管中(注意不要转移沉淀);

4°C ,2500 rpm ,离心10 min( 去除残留的碎片及细菌细胞);

转移上清至新的 2mlEP 管中,严格封口,- 80°C长期保存。

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