《枪炮、病菌与钢铁》整个书都在回答的作者在回答一个叫亚力的人的问题——为什么不同的大洲，人类发展的进程不一样。为什么不是印第安人去殖民欧洲？为什么非洲作为人类的诞生地，没有先发展出高科技的工业？等等，各大洲迥异的发展，构成了人类历史最普遍的模式——这是本书的主题。
在回答这个问题之前，作者有三个让他觉得不值得讨论的或者反对的理由。
第一个理由：做研究不是为了给某个种族，或者某个国家做辩解。为他们的谋杀、种族灭绝或者疾病来做辩护。理解一件事情，往往是为了改变这个结果，而不是重复和延续恶行。
第二个反对的理由就是：西欧现在的发展不代表它的卓越地位。这是以欧洲为本位的历史观。反而，西欧文明其实是由其他地区的族群发展后再传入的。
第三个反对理由就是作者不认为采集文化——狩猎这种部落生活是悲惨的，是不文明的。他不认为工业化的话的国家就一定很高明，就代表着进步。
人类社会的地理差异、动机不是在鼓吹某一种社会形态更好，而是单纯的想了解历史上。发生过什么样的事情，导致了目前的这种状况。
作者用新几内亚人和西方文明做一个比较。
首先，西方比如说欧洲一直生活在人口稠密的地区。而欧洲人只要熬过传染病的清洗，他就能把基因传给下一代，从而对多数传染病免疫。他们甚至会用这些病菌作为武器去抢占其他国家的领土。相比而言，新几内亚人的人口很稀疏，传染病根本无法生根。他们死因大部分都以谋杀、战争、意外和食物不足为主。
第二，可以发现。童年的刺激和活动有利于人类心智的发展。而新几内亚人比较聪明这个非遗传因素，扮演了一个角色。也就是说，就智力而言，新几内亚人的先天上甚至比西方人要强，但是后天因为他们不受文明的危害，所以不像工业社会的大多数孩子一样，在不利的心智发展中成长了。所以。问题的答案不是新几内亚人的智力不如西方人。
先天的遗传和后天的心智这两个因素，不止区别了新几内亚和西方人，也区别了原始的狩猎采集社会和技术先进的社会。所以，种族主义者应该把这个论调颠倒过来。
为什么先天不足的？后天又失调的欧洲人能生产出这么多产品。这是回答压力问题的关键。为什么枪炮、病菌和钢铁站在了欧洲人的这一边，而没有站在非洲或者土著，或者美国美洲土著人里边？
有这样一句话，各族群的历史遵循着不同的轨迹开展。那是环境，而不是生物的差异造成的。
