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课程简介
本套课程专为进化树的美化加工和各类数据的关联分析展示需求而设计，深入探讨和挖掘iTOL网站的强大功能。课程从进化树的基本构建方法、模型选择、结果解读和拓扑结构的基本展示入手，层层递进，涵盖了添加和优化各类注释信息等复杂操作，支持多种风格的进化树美化展示，成图结果，可直接用于专业级高水平科研杂志的文章发表，有助于大幅提升数据的视觉效果和解读价值。
课程内容
进化树理论知识：剖析进化树的类型、生物学意义，掌握常见算法及其结果解读。
iTOL基础操作：学习数据上传、基础设置及结果导出的完整流程。
标签与样式调整：掌握标签信息修改、样式设定、分支样式调整及clade分组的应用。
特征信息可视化：深入了解如何通过条带、符号、热图等形式展示样本背景或基因组特征信息。
统计数据可视化：实操讲解柱状图、堆叠图、饼图及关联性图表的应用，提升统计数据的表现力。
课程包含
13个课时：课程从理论到实操，层层递进，学习更系统，全面覆盖所有实操要点。
示例结果与文献应用：精选典型案例，结合实际案例，增强理论与实践的结合。
实操材料：提供树文件、各类型示例模板及数据结果，精心修改过的模板比原始模板更实用，替换为自己的数据就能迅速上手出图。
课程案例图（doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.165203）
课程案例图（doi: 10.3389/fmicb.2023.1221428）
课程案例图（doi: 10.3389/fmicb.2021.748471）
课程案例图（doi: 10.3390/ ijms242116017）
课程案例图（doi: 10.3201/eid2910.230509）
课程案例图（doi: 10.1038/s41467-022-31908-x）
课程案例图（doi: 10.1073/pnas.2008731118）
课程案例图（doi: 10.1016/s2666- 5247(22)00338-x）
课程目录大纲详情
课时1：微生物进化树结构必学要点
（1）常见进化树类型有哪些？
（2）进化树的类型和展示方式代表着什么生物学意义？
（3）常见进化树软件的算法该如何选择？
（4）进化树结果解读；
（5）经验分享和建议。
课时2：快速入门：iTOL软件中的常用设置
（1）iTOL软件介绍及数据上传步骤
（2）进化树的三种树型展示方式和选择建议
（3）iTOL软件中样本定位、错误分支去除及重设根方法
（4）iTOL软件的控制面板介绍和设置
（5）iTOL软件结果图像导出方式和建议
课时3：在iTOL软件中如何修改进化支样式
（1）分支样式修改结果展示
（2）如何在iTOL中直接修改分支样式
（3）如何使用iTOL模板修改分支样式
课时4：如何修改标签样式及标签信息
（1）标签样式修改结果展示
（2）如何在iTOL中直接修改标签样式和信息
（3）如何使用iTOL模板修改标签样式
（4）如何使用iTOL模板替换标签信息
（5）如何为标签的各部分单独设置样式
（6）标签的其它修改方式
课时5：基于clade的进化支分组方法
（1）clade分组结果典型案例展示与剖析
（2）如何在iTOL中直接添加Clade分组
（3）clade分组高级设置实操与建议
课时6：如何添加样本背景或基因组特征信息：条带注释法
（1）条带注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何在Dataset中创建条带注释
（3）如何使用iTOL模板添加条带注释
（4）如何在iTOL中调整条带注释的显示效果
课时7：如何添加样本背景或基因组特征信息：符号注释法
（1）符号注释结果展示
（2）如何在Dataset中创建外周符号注释
（3）如何使用iTOL模板在外周添加符号注释
（4）如何在iTOL中调整外周符号注释
（5）如何在Dataset中创建分支符号注释
（6）如何使用iTOL模板在分支添加符号注释
课时8：如何添加样本背景或基因组特征信息：热图注释法
（1）热图注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何在Dataset中创建热图注释
（3）如何使用iTOL模板添加热图注释
（4）如何在iTOL软件中调整热图结果
课时9：如何添加样本背景或基因组特征信息：字符注释法
（1）字符注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何在Dataset中创建字符注释
（3）如何使用iTOL模板添加字符注释
（4）如何在iTOL中调整字符注释的显示结果
课时10：如何可视化样本统计数据：柱状图注释法
（1）柱状图注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何在Dataset中创建柱状图注释
（3）如何使用iTOL模板添加柱状图
（4）如何在iTOL中调整柱状图注释的显示结果
课时11：如何可视化样本统计数据：堆叠图注释法
（1）堆叠图注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何在Dataset中创建堆叠图注释
（3）如何使用iTOL模板添加堆叠图
（4）如何在iTOL中调整堆叠图注释的显示结果
课时12：如何可视化样本统计数据：饼图注释法
（1）饼图注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何在Dataset中创建饼图注释
（3）如何使用iTOL模板添加饼图
（4）如何在iTOL中调整饼图注释的显示结果
课时13：如何可视化展示样本之间的关联性
（1）关联注释结果典型案例展示与剖析
（2）如何使用iTOL模板添加连线
（3）如何在iTOL中调整关联分析的显示结果
