系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系,枝点可以是物种和基因等,在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。
像这个
还有这个
是不是很漂亮?你的呢?还是像这个吗?
想要让你的图也像别人的那样漂亮吗?
来,我给你推荐一款强大好用的在线软件绘图工具—iTOL,让你的论文也有颜值担当!
iTOL简介
iTOL是一款进化树在线展示及注释工具,操作比较简单,但功能非常强大。不仅能够对进化树实现调整树枝、标签的颜色、形状和字体等常规编辑,更能导入不同的注释信息,展示更多的数据信息。iTOL网站地址:http://itol.embl.de/login.cgi
iTOL使用方法
使用iTOL需要先注册,然后就可以登录。
之后导入进化树文件,如MEGA软件生成的Newick文件,Sample project中会显示导入的文件,点击便可看到生成进化树图。
例如,导入后生成的图片(图1):
左上方的几个放大镜可以实现放大、缩小和还原,最下面的可以进行查找。右侧的Controls可以对进化树进行编辑,例如调整枝的颜色、粗细,文字的字体大小等等。鼠标经过图中的标签或枝还会显示其信息,也可以直接点击鼠标对其进行编辑。
例如编辑后的进化树(图2):
还没完哦,通过添加不同数据集的注释文件,还可以让进化树展示更多的信息。iTOL官网上提供了很多进化树不同数据集的注释模板,我们可以按照这些模板得到自己的注释文件,添加到进化树中。
注释模板下载示意图:
以range.txt为例,这里是用不同颜色来表示不同的物种,同一个颜色就表示树枝所代表的物种是属于同一个门,文件如下:
其中TREE_COLORS表示对树的颜色修改;SEPARATOR为数据列的分隔符,以TAB分隔;后两行是添加的color range, I148是分类,该分类信息包含在进化树文件中;range表示范围的;#eeffee 是range的颜色;test1是 color range的标签。
将该文件直接拖到图1所示的界面中,就会生成类似图2的进化树。
通过添加不同数据集的注释文件,我们能够得到各种不同的进化树,一起来看一下。
1. 进化树加箱线图
2. 进化树加热图
3. 进化树加柱状图
4. 三者合一:
怎么样?这样做出来的图是不是很酷炫?当然碍于小编审美,展示出来的图未必符合您的口味,那你就亲自来尝试一下吧!我相信一千个达芬奇就会有一千种蒙娜丽莎!期待看到你漂亮的图!
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