以病毒为例，病毒经常发生跨宿主传播，主要发生在近缘物种之间 。许多人类病毒流行病是由动物跨宿主传播而来，如SARS、MERS、高致病性禽流感等。 然而，有些病毒可以和宿主在很长的时间尺度内共进化，例如乳头瘤病毒可能和其猫科宿主共进化1000多万年。
欲研究跨宿主传播和与宿主共进化这两种模式在病毒进化中发挥的作用，可以进行宿主和病毒系统发生关系相关性分析，Jana便是这样一个不错的软件。
Jane需要的最少数据量是一对系统发育树（以下称为“host”树和“parasite”树，即宿主树和寄生物树，但实际上它们可以是任何一对树，例如物种树和基因树，或其他）。 这些树的分支之间的映射，不必是一对一的。Jane允许将多个“parasite”映射到单个“host”，也可以单个“parasite”映射到多个“host”。
具体分析方法详见:https://mp.weixin.qq.com/s/B51KbRtrogXZVxWWZpO9yA（关注微信公众号“生信雀”，获取Jane使用教程）
参考文献：<Jane: a new tool for the cophylogeny reconstruction problem.>
