进化树美化利器iTOL

    科研狗对美的追求是永无止境的。为了一张好看的实验结果图,那是赴汤蹈火,在所不惜。下面就跟大家介绍一个美化进化树的利器——iTOl。本文主要向大家展示一下iTOL数据集注释模板(类似配备文件,脚本,导入即出图)的强大功能。

     如何使用iTOL可以百度搜索,可以找到许多相关文章。在下直接上iTOL强大的数据集注释模板功能。

     在iTOL的help-Annotating trees可以下载相关的数据集模板(如下图,下载模板中也有相应的树文件,可以一一使用,来了解其功能)。

ITOL注释文件(建议用Notepad++对模板进行修改) 主要由三部分组成,一是每个注释文件开头的关键词;二是列之间的分隔符类型(COMMA为逗号分隔,TAB为TAB键分隔,SPACE为空格分隔);三为以DATA开头的数据。 注释文件开头的关键词主要有以下:

 a. TREE_COLORS:对树枝上色,分

clade,

branch,

label,

range,


 b. LABELS 可以对标签重命名,也可以对branch进行命名(branch用ID的表示方法为ID1|ID2)。

 c. POPUP_INFO 为鼠标移动到相应位置会弹出指定信息,对文章作图较不重要。

d. DATA_ALIGNMENT 序列比对结果附在树旁(详细参数见模板)


e. DATASET_BINARY 具体作用不明,结果如下:


 f. DATA_BOXPOLT 为进化树与箱线图。该图需要的数据为(five number summary: minimum, first quartile, median, third quartile, and maximum和所有极值)。


 g. DATASET_COLORSTRIP 可以对分支颜色(加COLOR_BRANCHES 1参数)和label外围上色条。效果如下:


 h. DATASET_CONNECTION 数据格式:#NODE1,NODE2,WIDTH,COLOR,LABEL,效果如下:


                                                                 (CURVE_ANGLE 45参数)


                                                                   (参数:CENTER_CURVES 1)

i. DATASET_DOMAINS 效果如图:


 j. DATASET_EXTERNALSHAPE (作用不明)


k. DATASET_GRADIENT


l. DATASET_HEATMAP


m. DATASET_IMAGE 附任何你想附的照片。

n. DATASET_LINECHART 附线图


o. DATASET_MULTIBAR 条形图

p. DATASET_PIECHART 派图


小贴士:在画一个大的进化树时,尽量将字体等各项参数调小,最后出图会更清晰。

有时,存pdf时,会与存svg的图像效果不一致,目前没有很好的解决办法(不是办法的办法,不同电脑出图效果不同,找到你想要的图来保存),路过大侠,敢情路见不平,一声吼,不胜感激。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 199,636评论 5 468
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 83,890评论 2 376
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 146,680评论 0 330
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 53,766评论 1 271
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 62,665评论 5 359
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,045评论 1 276
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,515评论 3 390
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,182评论 0 254
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,334评论 1 294
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,274评论 2 317
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,319评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,002评论 3 315
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,599评论 3 303
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,675评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,917评论 1 255
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,309评论 2 345
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 41,885评论 2 341

推荐阅读更多精彩内容

  • 第一部分 HTML&CSS整理答案 1. 什么是HTML5? 答:HTML5是最新的HTML标准。 注意:讲述HT...
    kismetajun阅读 27,375评论 1 45
  • 当你构建完系统进化树,你当然是想让他变得美美哒,最后是能达到发CNS的level。 下面简单给大家介绍两个比较好用...
    lakeseafly阅读 24,539评论 3 25
  • 一级标题 二级标题 三级标题 这是倾斜的文字这是加粗的文字 引用一段文字 列表第一项 列表第二项 有序列表第一项 ...
    youarebeloved阅读 305评论 0 0
  • 花开花又落 (234) □ 六月飞雪 花开 先生绚烂一季 醉美短暂28年 过往烟云, 心酸苦累愁 ...
    朝花夕拾杯中酒123阅读 309评论 0 9
  • CNBLUEone阅读 191评论 0 0